就在東尾張、三河、奧羽兩州等各地戰場捷報頻傳之際，一則噩耗突然傳至上杉家本據小田原城之中——上杉家旗下大名齋藤喜太郎（齋藤龍興、一色義棟、一色義糺）後見役齋藤義龍猝死。
對於上杉家來說，作為握有齋藤家實權的齋藤義龍猝死可並不是一件小事。
因為齋藤家的政治體制已經從齋藤道三時期的家督專政制，被齋藤義龍發起下克上之後改成了宿老合議。
若是齋藤義龍健在，那麼還能以他個人的威望和能力來壓制住家中的反對勢力。
可是，隨著齋藤義龍的突然身亡，加上齋藤家名義上的家督齋藤喜太郎過於年幼，且無法處理任何政務，更無人望。這就使得齋藤家中曾站在齋藤道三一方，被戰後清算過的美濃國人領主們也開始蠢蠢欲動起來。
作為齋藤家宿老，同時還是齋藤義龍之叔的老臣長井道利，當即與安藤守就、稻葉一鐵、氏家卜全、竹腰尚光（竹腰道塵之子）、日根野弘就等家中宿老們達成一致，將陳兵於美濃與近江、尾張兩國境目地帶的大部分軍勢撤回，並進一步加強齋藤家本據稻葉山城的戒備，以及派出大量物見監視織田家、六角家、淺井家、朝倉家等與齋藤家接壤大名們的動向。
不僅如此，齋藤義龍在猝死之前還做了一件驚天動地之事——別傳之亂。
事情是起因便是齋藤義龍在發起下克上成功後，將自己的苗字從藤原氏後裔的「齋藤氏」改為源氏後裔的「一色氏」，便廢黜了父祖時期信仰的日蓮宗常在寺的菩提寺之地位，開始在稻葉山城下修築起帶有源氏信仰的禪宗寺院「傳燈護國寺」。
當時扶桑境內各地的禪宗下分為許多派系，往下分有臨濟宗、曹洞宗、普化宗、黃檗宗等等。
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其中，臨濟宗是室町時代大部分武家所信仰的宗派。
而臨濟宗之下下又分為妙心寺派、相國寺派、天龍寺派、南禪寺派等等，這傳燈護國寺正是「妙心寺派」的寺院。
不過，妙心寺派里也是個小麻將館，又分為東海、龍泉、聖澤、靈雲四個派系，當時在美濃國十分有影響力的僧人快川紹喜就是東海派。而齋藤義龍任命的傳燈護國寺住持別傳宗龜則是最弱的靈雲派。
齋藤義龍這麼做大概是不願意見到東海派在美濃一國之中進一步提升影響力，從而威脅到齋藤家的統治。
但是，快川紹喜在獲知此事後卻不樂意了，他可是當時在扶桑全國都非常有名的高僧。
所以，在快川紹喜的極力抗議之下，美濃一國的僧人們紛紛離開了寺院。
同時，快川紹喜還對齋藤義龍表示：「你只是一州的太守而已，而貧僧卻是三界之中的法師。」
快川紹喜的所作所為就引起了齋藤義龍極大的不滿，他要求妙心寺削去快川紹喜的僧籍。但是，齋藤義龍此舉反而引起更大的連鎖反應，導致了齋藤家與整個臨濟宗妙心寺派的對立。
不僅僅是美濃境內的臨濟宗妙心寺派，還有駿河國清見寺、臨濟寺等靈雲派寺院都站到了快川紹喜的一邊，極力譴責齋藤義龍以及別傳宗龜二人。
當然，僧人們的譴責對強硬的齋藤義龍來說不痛不癢，他直接另闢蹊徑，向朝廷、足利將軍家進行大力獻金，讓朝廷、足利將軍家將傳燈護國寺晉升為與南禪寺一樣寺格的寺院，堅決與快川紹喜等和尚對抗到底。
然而，還沒等朝廷、足利將軍家將傳燈護國寺的寺格進行提升，齋藤義龍就突然在稻葉山城本丸的寢殿裡暴斃而亡，年僅二十八歲。
齋藤家的重臣們本來就很不支持齋藤義龍與快川紹喜對立。在齋藤義龍屍骨未寒之際，把持著齋藤家大權的六宿老（長井道利、安藤守就、稻葉一鐵、氏家卜全、竹腰尚光、日根野弘就）就以家督齋藤喜太郎的名義立即召回了快川紹喜。不但廢掉了傳燈護國寺的菩提寺地位，甚至摁著齋藤義龍的棺材板讓快川紹喜主持葬禮。
儘管別傳之亂以齋藤義龍的死亡，以及齋藤家高層的放低身段而告一段落。
但並不代表上杉家認同此事。
但並不代表上杉家認同此事。
在上杉清定看來，這快川紹喜曾經與武田家之間有著深厚的關係，還一度擔任過齋藤家對武田家的取次。
雖說武田家已經被上杉家攻滅，但快川紹喜卻通過自己得道高僧的身份，因不滿上杉軍在攻入甲斐後大肆株連武田一族，以及武田家譜代家臣，便暗中庇護了諸角賴重（本田重政之子，諸角虎定之孫）、八重森家昌（諸國御使者眾）、橫田康景（原虎胤之子，橫田高松女婿）、相川甚五兵衛（目付眾）、伊藤玄蕃（御藏前眾）、內田監物、大村忠堯（大村眾旗頭）、大井攝元（奈神社神主）等武田家的舊臣，甚至還有甲斐飛助、甲斐六郎（甲斐飛助外甥）等原先效忠於武田家的忍者。
若是快川紹喜只是與齋藤義龍對立，上杉清定自然不會過於關注美濃一國的內政以及宗教事務，可經過加藤段藏、玄鬼、覺馬等軒轅眾上忍們的探查後，發現武田家的舊臣們也有參與三河一向一揆的跡象，甚至還有一小部分人趁機潛回了信濃，意圖趁著上杉家調集信濃諸將大舉南下之際，於信濃一國煽動國人一揆，妄圖恢復武田家的家名。
鑑於信濃一國大部分的兵力，以及有力武將被清定抽調南下前去協助北條家彈壓三河一向一揆，使得眼下的信濃境內並無太多的兵力、人力去搜捕潛入的武田家舊臣。
為了避免信濃境內爆發國人一揆，以及徹底消除武田家在信濃一國的殘存影響力，清定便想到了原先世襲罔替信濃守護職的小笠原家。
如今的小笠原家家督已是由清定的次男小笠原次郎丸來擔任，雖然小笠原次郎丸與清定一同居住於小田原城，但小笠原家的直領、政務皆由二木重高、犬甘政德、赤澤貞經、草間肥前守等家中重臣們負責代管、處理。
眼下，二木重高、犬甘政德等人追隨中條藤資南下進入三河彈壓一向一揆，但赤澤貞經、草間肥前守等小笠原家重臣們仍留守在信濃府中的深志城、村井城、林城等小笠原家治下的重鎮要地之中。
小笠原家與武田家同樣是出自清和源氏義光流，最早於文治元年（1185年）在首任鎌倉殿源賴朝的推舉下出任信濃守一職。
到了建武元年（1334年），小笠原宗長、小笠原貞宗父子因追隨足利尊氏討伐鎌倉幕府執權北條家有功，由小笠原貞宗出任信濃守護職。
而小笠原貞宗是當時整個扶桑數一數二的有名武士，其視力更是有著『千里眼』之稱，其弓術還曾獲得後醍醐天皇的讚賞，之後還被後醍醐天皇稱之為『武士皆應以小笠原為榜樣』。
因此，小笠原貞宗還獲得後醍醐天皇許可，在自己的三階菱家紋之中添加『王』字，以此來向世人宣告獲得後醍醐天皇親口稱讚的象徵。
可最為諷刺的是，小笠原貞宗並沒有因獲得後醍醐天皇的讚賞，和在家紋之中添加『王』字許可而效忠於朝廷、皇室，反而堅定的站在足利家一方，之後成為足利將軍家討伐南朝一方的急先鋒。
建武二年（1335年）七月，隨著北條時行掀起的中先代之亂爆發後，小笠原貞宗雖然被諏訪神黨打得是損兵折將、丟城失地，連頭都抬不起來，但還是堅持到了足利尊氏擊敗北條時行、收復鎌倉。
在那之後，小笠原貞宗之孫小笠原長基還在桔梗原之戰中，大敗南朝方宗良親王為首的南朝方諸將，重創了信濃一國之中的南朝方勢力。
之後，小笠原一族為了向足利將軍家表示忠義之心，便放棄了使用帶有『王』字的三階菱家紋，恢復成原先純黑三階菱家紋。
可以說，只要小笠原家的家紋更改成帶有『王』字的三階菱，便能讓小笠原家徹徹底底的改頭換面，同時此舉還能讓上杉家獲得千種家、伊勢北畠家、浪岡北畠家、南部家等南朝方武家的好感。
另外，信濃府中小笠原家還是小笠原氏的嫡流，作為阿波小笠原氏的三好家曾經因站在南朝一方，被阿波細川家擊敗後被迫降服，這才將苗字改為了三好。
面對現任征夷大將軍、武家棟樑的足利義輝，曾有意讓前任信濃府中小笠原家家督小笠原長時重返舊領，於信濃一國招攬舊部、煽動國人一揆，藉機削弱上杉家的實力。
先前，因齋藤義龍為避免自己下克上遭到上杉家的討伐，便沒有放任小笠原長時通過美濃之地進入信濃境內。
可現如今，隨著齋藤義龍的突然暴斃，美濃一國全境可謂是暗流涌動，自然就沒有人能阻止小笠原長時途經美濃境內重返信濃舊領了。
為此，清定可不會對小笠原長時重返信濃舊領之舉視而不見聽而不聞。
於是，清定一面下令恢復小笠原家使用帶有『王』字的三階菱家紋，一面派遣多羅尾光俊、玄鬼、覺馬三人率御庭番眾甲賀組和軒轅眾一部，共一百名忍者進入信濃伊那郡、築摩郡、安曇郡等地，加強西信濃諸郡的守備，以防小笠原長時煽動國人一揆。
比起不識時務的小笠原長時，其長男小笠原長隆就相當的識相。不僅在清定的授意下收上杉次郎丸為養子，還將小笠原流弓馬術禮法傳授給養子次郎丸。作為回報，清定就將信濃安曇郡岩原城七千石授予小笠原長隆，作為隱居料。
不過，足利義輝、三好長慶等人還是過於高看小笠原長時的影響力和人望了。
起初，小笠原長時在進入信濃伊那郡境內最先造訪的便是出自小笠原家分支的下條家。
此時的下條家並沒有被清定要求，與中條藤資一同出兵前往三河協助北條家彈壓一向一揆。
小笠原長時自認為自己與武田家交鋒之際，下條家也出兵支持過自己，便打算先說服下條家與自己一同向上杉家舉起反旗，而後再調略築摩郡、安曇郡兩郡的小笠原家重臣赤澤貞經、草間肥前守等人。
但是，不論是已經退隱的下條時氏（下條氏時），還是現任下條家家督下條氏長，為了避嫌，皆沒有面見曾經名義上的主君、一門總領小笠原長時。
出於同族以及曾經的君臣關係，下條時氏、下條氏長父子這才沒有將小笠原長時擒獲交給上杉家。
可小笠原長時卻並不死心，為了將下條家拉攏至己方，他反而將目光投到了下條時氏三男，且出家擔任長岳寺住持長岳寺祐教的身上，意圖策反下條家的重臣們，去擁立長岳寺祐教繼承下條家的家名。
隨後，小笠原長時就收買了下條家譜代家臣佐佐木新左衛門、明知藤左衛門等人，準備趁著下條時氏、下條氏長父子攜家眷參謁長岳寺之際發難，一舉將下條時氏、下條氏長父子討取，而後讓長岳寺祐教還俗，並繼承下條家的家名。
畢竟長岳寺祐教是下條時氏之子，還是下條氏長之弟，他深知與上杉家為敵的後果是什麼。曾經，自己的兄長下條信氏就追隨武田家出陣奧信濃的川中島，結果為武田信玄殿後被上杉軍的齋藤朝信部討取。
再加上，下條家在追隨小笠原長時與武田家交鋒之時，同族、譜代家臣更是折損不少。就連武田家都不是上杉家的對手，那么小笠原長時這個武田家的手下敗將還能在信濃一國掀起什麼大風大浪？
經過一番權衡後，長岳寺祐教為了保全下條家的家名存續，就直接將此事告知自己的父兄下條時氏、下條氏長二人，讓他們早做準備。
在獲知小笠原長時意圖謀害自己後，下條時氏、下條氏長父子就再也無法忍受了，當即派遣岡和泉守、原民部少輔、熊谷玄蕃、糟谷與五衛門等家中重臣，率馬廻眾、同心眾，突襲小笠原長時、佐佐木新左衛門、明知藤左衛門等人所盤踞的陽船山。
結果毋庸置疑，在下條軍的突襲下，小笠原長時、佐佐木新左衛門、明知藤左衛門等人是措不及防。
除了小笠原長時本人趁亂逃出生天以外，佐佐木新左衛門、明知藤左衛門等參與下克上謀逆的下條家重臣們盡數伏誅。