儘管本山家末代家督本山貞茂承殘破家業，於殘垣斷壁間扛起復興本山家的大旗。
彼時土佐一國大勢已傾，長宗我部元親在上杉家的支援下是蠶食四方、勢壓全境，本山家反而是屢戰屢敗，城池盡失、兵馬耗竭，若不是有三好家的支援，本山貞茂也無法得以重返舊領發起一揆。
本山貞茂以末代家主之軀，逆勢舉兵，收攏離散舊臣，糾合微弱殘兵，數次奮起反撲，意圖收復舊領，再續本山家的輝煌。
奈何大勢不可逆，殘局無可挽。
長宗我部家根基穩固、兵鋒正盛，麾下戰將如雲、版圖日闊，反觀本山家殘軍，無堅城可守、無外援可依、無糧草持久。
本山貞茂的每一次奮死征戰，皆換來節節敗退，數次起兵皆遭挫敗，殘餘勢力被逐一清剿，舊臣或降或亡，復國之勢愈發渺茫，僅剩零星殘部退守北長岡郡的立川莊一隅之地。
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隨著讃岐境內爆發大規模反三好家國人一揆，以及淡路一國舉國倒向上杉家後，三好家無暇顧及本山家，使得本山貞茂窮盡餘力的復國之舉徹底潰敗。
最終，本山貞茂走投無路，被迫向長宗我部家投降。
自此，曾經一度稱霸土佐半國之地的本山家徹底家名斷絕，近三百年的基業湮滅於亂世洪流。
當本山貞茂向長宗我部家投降的訊息傳入幡多郡境內，以及與先前逃往同族河野家治下領國的次男神森次郎團聚後，神森通茂便恢復了自己本名。
早在主家本山家被長宗我部家擊敗，且自己居城神森城陷落的那一刻，神森通茂的忠義，便與破碎的城池一同留在了故土。他並非不識時務，恰恰是太過清醒，不願用半生忠節，換取新主的恩賜與安穩。他善戰，能於萬軍之中破陣；他多謀，能於絕境之中籌策，可唯獨學不會屈膝臣服、苟且偷榮。
為了心底一絲微弱的復國期許，神森通茂踏上了顛沛流離的路途。數年之間，他輾轉吾川郡、高岡郡、幡多郡等土佐諸郡，尋訪舊友、探查局勢、觀望風雲，始終盼著能尋得一絲翻盤的生機。
可神森通茂的一次次期盼，終被現實碾碎。本山家的覆滅，絕非一時兵敗，而是氣運、根基、大勢的全盤終結。
神森通茂親眼看著長宗我部家在倒向上杉家一方後，勢力是愈發穩固，四方格局日漸明朗，曾經支撐本山家的一切根基——領地、兵甲、人心、一門親族等，盡數消散。
漫長的漂泊與觀望，讓神森通茂漸漸褪去了執拗與孤勇執念。他終於徹底明白，從神森城陷落的那一刻起，本山家的結局就已然註定了。所謂復興主家，不過是自己一腔孤忠編織的幻夢罷了。
天下大勢浩浩湯湯，舊的割據勢力逐一落幕，無人能逆潮流而行，神森通茂一身智勇，終究抵不過時代的興衰輪轉。他已坦然接受主家本山家不復的定局。
在獲知自己的長男神森出雲介也被長宗我部軍討取後，神森通茂便心灰意冷，不再執著於恢復原主家本山家的家名。他恨原主家的宿敵長宗我部家，也恨長期支援長宗我部家的上杉家，卻更恨永無止境的戰亂分裂。
這些年來，神森通茂所見土佐、伊予兩國各地儘是荒田棄屋，當地領民為大名、國人領主之間的征伐而流離失所，父子相離、家破人亡的慘狀，幾乎每天都在上演。他意識到自己真能如願復興原主家本山家，不過是多了一方割據的大名，他日仍要與別家廝殺，又會生出無數像自己這般喪主、喪子之人。
以一己君臣私恨，竟要拖累天下蒼生陪葬，何其狹隘。
上杉清定才是真正讓本山家覆滅之人，可私仇與天下，孰輕孰重，神森通茂還是分得清楚的。他並非背棄舊主、忘恩負義，但再不提本山家復興，再不思舊日仇怨，此生不再為一姓一藩廝殺，只求輔佐上杉清定掃平扶桑群雄，令海內一統，刀兵永歇。世間再無傾覆的城池，再無戰死的兒郎，這般太平光景，遠勝他一人復仇雪恨。
可以說，曾經的仇敵，如今反而成了神森通茂實現天下泰平唯一依靠，過往忠義、血海深仇，皆讓位於四海歸一的宏圖。
就在本山家復興之事宣告終止後不久，三好長治意圖以細川真之為名義上的總大將，糾集阿波諸將北上馳援十河城之際，細川真之卻突然逃往仁宇城，並於仁宇城籠城固守。隨後，三好軍本陣就遭到一宮成實、伊澤俊國、久米義昌等親細川讃岐守家的阿波有力國人領主突襲。
在別宮長原之戰中，潮水漫過灘頭，三好軍本陣在遭到曾經的友軍背刺突襲後，在猝不及防之下一觸即潰。
三好祐長、三好盛長、三好遠江守、三好盛政、三好通清、三好弓介（三好長虎之子）、三好帶刀左衛門尉、森因幡守、森飛驒守、加地盛時、小寺長隆等諸多三好家同族、譜代重臣先後被討取，大量武士、足輕、農兵更是四散奔逃，毫無戰意，無人再願為三好長治效命。
終究三好長治是三好實休之子，他拋下勸阻的小姓、側近，親自手持太刀突入敵軍陣中，他想以武家家督的身份戰死沙場，以保全三好家的名節。
很快，箭雨穿透大鎧，長槍自側腹刺入，鮮血浸透三好長治的陣羽織。他跪倒在灘涂淺水裡，望著遠處火光沖天的勝瑞城，想起叔父三好長慶、父親三好實休等人稱霸四國、上洛掌控朝廷、大樹的盛景。繼承三好家家名才不過數年的光景，便毀在了自己的手中。
浪潮捲走三好長治手中太刀，他倒在別宮浦的泥沙之中。
自寬正六年（1465年）起活躍於阿波的三好家，隨三好長治的敗亡也一同消亡。
雖說，細川真之成功將同母異父的弟弟三好長治討伐，但他並沒有獲得阿波一國大部分國人領主的支援。
其中，下六條城城主三好右衛門、脇城城主武田信顯（武田信虎七男）、天羽城城主天羽久利、川島城城主川島惟忠、井上城城主土肥康信等人不僅沒有向細川真之低頭臣從之意，反而是在各自的居城進行籠城固守，甚至還派遣使者前往十河城，請求十河存保繼承三好家家名。