雖說宇佐美定勝在收編了神吉吉安、神吉貞光、野口新十郎等降將後，麾下兵力勉強達到七千五百餘軍勢，其中大部分大部分是從丹波一國徵召，而且不少丹波國人領主們因兩細川之亂的緣故，與一度支援細川高國的別所家交惡，丹波諸將在追隨宇佐美定勝南下播磨的過程中，絲毫沒有對別所家手下留情，這些人巴不得別所家治下領民皆手持武器負隅頑抗。
但八條廣繁配下之兵只有兩千左控鶴備常備軍勢不是播磨本土之兵，其餘軍勢不是治下所領徵召，就是奉命前來參陣的播磨諸將所率之兵。
在別所就治看來，丹波諸將或多或少與別所家有過節，就算自己將宇佐美定勝部一舉擊潰，並打通加古川的出海口，鄰近加古川出海口的魚住城、野口城、高砂城等地仍然隸屬於上杉家一方，若想穩定從海路獲得糧草輜重的補給，就必須要掃清加古川兩岸周邊的所有城池兵砦。
不過，今時不同往日。
此時與播磨距離較近，且僅有一海之隔的淡路不再隸屬於三好家，而是在原三好家一門親族眾野口長宗的號召下，舉國倒向了上杉家一方，並為上杉家封鎖讃岐、阿波、備前、備中四國的周邊海域，切斷三好家與大友家、毛利家、河野家之間的聯絡。
故而，別所就治率先放棄了率軍南下打破上杉軍包圍的計劃，轉而發兵北上，意圖恢復與太田垣家、丹波仁木家等友軍的聯絡。
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只是，別所就治還是高估了別所家的影響力和自己的人緣。
在一向宗法主本願寺顯如頒下不得支援別所家的御下文後，播磨境內僅剩的一向宗信徒、僧兵、坊官等各個階層，以及寺院、道場、講等各級設施皆不敢擅自對別所家施以援手，反而有一向宗信徒主動向上杉軍告發丹生山明要寺暗中向別所家輸送糧草輜重之事。
明要寺的來歷可不簡單，屬於神佛習合的修驗道山嶽寺院，供奉帝釋天（帝釋、因陀羅、能天帝，梵名釋迦提桓因陀羅，佛教二十諸天第二位護法，忉利天·三十三天天主，佛教中護持佛法，佛陀成道、講法時常護法，巡查人間善惡、護佑行善眾生；源自古印度吠陀神話，原本是雷神、戰神，執掌雷電，法器金剛杵，坐騎三頭白象愛羅婆多），不單單是播磨境內，也是近畿諸國範圍里最古老山嶽寺院之一，於飛鳥時代白雉年間（650年-654年）開山。
曾經，丹生山盛產硃砂（辰砂），而丹生又被稱之為丹砂，是扶桑早期的水銀礦產地之一，用於煉丹。
到了平安時期，平清盛在福原京（神戶）建都時期，還向明要寺大額捐獻領地、建材，專門修築從福原通往山頂的參詣古道，明要寺也因此迎來全盛時期，兼具寺領莊園與山城防禦雙重屬性，山頂同時築有丹生城，寺院與山城一體相連。
可明要寺的鼎盛並沒能維持多久。
在南北朝時期，明要寺的堂宇、伽藍、佛像、經藏等屢屢毀於兵燹，直至眼下，都未能盡數修復。加上朝廷、足利將軍家威權盡喪，根本無法確保明要寺的寺領，使得其寺領屢屢遭到武家的侵占。
由於明要寺是扼守丹生山要道，鄰近播磨、攝津兩國的境目地帶，是兵家必爭之地，就算長期開採硃砂而導致礦脈枯竭，無法穩定獲得硃砂收益，但依舊有著很高的戰略地位。
加上三好家曾經聯合攝津有馬家，一同攻入播磨境內，為緩解自身財政壓力，就大肆拆取明要寺的石材用於築城，還鑿碎鎏金佛像（明要寺鎮寺之寶，原是攝津、播磨兩國之中首屈一指的金佛群）熔鑄兵器，導致山中遍地遺留石佛殘片。當年熔鑄佛像的三好家武士、足輕，大半後續莫名染怪疾、墜山，當地人就認定是毀佛損金遭神佛降厄。
傳說寺院本尊石地藏不忍目睹明要寺寺毀僧亡，於深夜自斷蓮台，沿著參道往丹生神社方向移步，走到半山腰突然原地石化，也就是如今登山道旁的落身地藏。當地還因此留下傳說：地藏離開之日，明要寺主殿轟然塌落，所有倖存僧人四散逃亡，從此寺院再無常住僧侶。時至今日，雨天在地藏石像基座仍能看見類似水漬的「淚痕」。
當然，明要寺在南北朝時期還有天狗焚寺的傳說。
丹生山是六甲山修驗道天狗盤踞之地，明要寺鼎盛之時，僧團仗著平家權勢大肆開山挖礦、砍伐神木修建伽藍，大肆毀壞山神棲身林地，還把山中靈泉改作礦坑排水。
南北朝時期南朝與北朝雙方進行連年拉鋸，明要寺作為兵家必爭之地，反覆被兩軍徵用屯兵，僧兵為加固山城拆毀山中神社石壇。相傳丹生山大天狗惱恨寺院破山瀆神，在一個雷雨之夜引落天火，接連三晚雷火自山頂落下，接連燒毀西院僧坊、鐘樓與藏經閣。大火過後山間硃砂礦坑多處塌方、礦水枯竭，往後每逢陰雨，遺址山林里能聽見天狗呼嘯、古鐘隱隱作響。此後百餘年寺院無力復建，外圍分院盡數荒棄。
而別所就治心懷愧疚，自知三好家的目標是攻滅別所家，還招致明要寺遭到兵燹波及，就在恢復舊領後，主動出資修復一些寺院設施，還將自己的幼子別所治房送往明要寺出家為僧，來出任住持。
這就使得明要寺上下無法在別所家遭到上杉家討伐之時無動於衷，就算寺領所剩無幾，存糧稀少，還決定勒緊褲腰帶，節衣縮食的省出口糧，還冒著極大的風險，暗中對三木城、淡河城等地輸送糧草輜重。
可這世上哪裡有不透風的牆？若要人不知，除非己莫為！
八條定繁在獲知明要寺暗中對別所家施以援手後，自然不會聽之任之。在他看來，如今只要是與上杉家對立之人，不論武家、商人還是寺院神社，皆是亂臣賊子，都能進行討伐。
就在上杉家攻滅別所家旗下國人領主淡河家不久，八條定繁便決定在攻打三木城之前，先踏平明要寺，以震懾播磨之人，進而徹底切斷三木城與外界的一切聯絡，用飢餓來迫使別所家投降。
畢竟，丹生山是有著極高的戰略價值，一旦被敵方或是盜賊所占，那麼就能憑依山險，嘯聚為盜，晝伏夜出，劫掠村落，阻斷官道，其後果將不堪設想。
永祿四年，六月二十二日，深夜。
密雨如麻，黑雲吞盡丹生山巔月色，滂沱冷雨順著古寺飛頹殘簷傾瀉，山間濃霧裹著濕冷山風漫捲整座丹生山頂。
明要寺方面雖占有地利，在丹生城的殘垣斷壁派遣僧兵駐守。殿宇錯落盤疊於崖頭，廊下僧兵身披麻布戰襖，刀槍被夜雨浸得暗沉，不少人倚著鎏金剝落的佛前殘像避雨，只當暴雨鎖山，上杉軍絕難攀越陡崖險徑。
山路泥濘濕滑，崖壁澗水奔涌轟鳴，古時丹生山開採硃砂多役使村落貧苦女子入深井采丹，明要寺鼎盛時手握礦山管理權，苛役女工、勞作致死無數，亡者屍骨就地掩埋礦坑深處。礦脈枯竭前夕，山中頻頻出現紅衣女子幻影，入夜在古參道徘徊啼哭，凡是上山尋礦、開荒之人接連莫名墜崖、染怪病。村民認定是枉死采丹女怨靈封禁礦脈，再也無人敢進山開礦，明要寺也因此徹底斷絕礦產收入。
八條定繁並非近畿出身，對當地的傳說知之甚少，他就命麾下的大見三人眾（梅原木工右衛門、佐藤四郎兵衛、上村玄蕃）為先手役，向明要寺發起了夜襲。
明要寺住持明要寺治房尚未完成初陣，且很早就被別所就治送入明要寺之中出家為僧，並不是為了要將衰落的明要寺進行振興，而是要想方設法找到當年平家埋藏在丹生山一帶的大量黃金、硃砂錠、平家鎧甲、法器秘寶等。
加上雨季到來，明要寺治房自以為上杉軍裝備的火器較多，不可能在雨夜之時對明要寺發起攻擊，便疏於防備。
但是，上杉軍藉著漫天雨幕隱去行跡，攀著荒徑亂石、老藤潛行上山。
雨水澆滅火塘餘燼，明要寺僧兵的視線被雨簾阻隔，崗哨呼喝聲混在雷雨里模糊難辨。待上杉軍先手役已盡數翻過外圍石柵，驟然金戈破雨、喊殺撕裂山雨。
只見上杉軍在沒有任何火器掩護的情況下，以短兵突入寺域，刀斧劈破僧坊木門，原本誦經避雨的僧兵倉促手持薙刀、打刀應戰，佛堂前庭積雨混著泥水、血漬漫過殘破蓮台。
雷鳴震落樹梢積水，殘存鎏金佛像被飛濺泥水濺得金斑晦暗，殿角殘鍾甚至受喊殺聲而震動，在連綿雨聲里發出悶啞嗡鳴。箭矢穿破雨幕簌簌飛來，撞在殿宇木樑與佛身殘石上噼啪作響。
半山硃砂古礦坑在風雨中隱現黑黝洞口，負隅頑抗的殘餘僧兵被逼退至本堂高台，大雨沖刷著山城石牆，一整夜，雨聲、兵刃碰撞、佛殿塌落之響纏繞丹生群山，昔日香火鼎盛的古剎，雨夜之間淪為鏖戰荒壘。
幾名負傷僧兵眼見總門已破，便推倒廊下石燈、朽壞木欄封堵登殿石階，任憑兵刃破體也不肯後退半步，落水沖刷著滿地棄刃與屍身，昔日焚香禮佛的淨土，一夜浸在雨血之中，守寺僧眾以古剎為墳，死守至力竭倒地。
即便明要寺僧兵捨生忘死的與襲來的上杉軍交鋒，終究是兵力寡少，為了掩護住持明要寺治房以及僧眾的家眷們逃出生天，部分僧眾不得不選擇點燃寺廟的伽藍、僧坊和陣所，以吸引上杉軍的注意力。
然而，丹生山後山的山道經連日暴雨浸泡，泥土軟爛打滑，崖邊野草被雨水泡爛，腳下便是深不見底的幽谷。一些老僧、女眷只能一手緊牽孩童，一手扶著濕滑岩壁深一腳淺一腳跋涉，山間狂風裹挾雨點劈頭砸落。不少孩童被雷雨嚇得不住啼哭，細碎哭聲在殺伐聲中格外淒楚。他們身後的上杉軍搜山的呼喝越來越近，斷後的僧兵、僧人拼死阻攔追兵，並催著眾人加快腳步。
忽有腳下泥層驟然崩陷，最外側一名僧人腳下打滑，連同身邊的數名孩童一同失去重心，慘叫聲劃破雨幕，一行人順著濕滑崖壁翻滾墜落深淵。餘下的僧人、寺中女眷驚得渾身發抖，卻被身後迫近的兵戈逼得無暇悲慟，只得咬牙護住剩下的孩子繼續奔逃。
前方佛堂之內，死守的僧兵仍在以血肉阻攔官軍攻勢，鎏金斑駁的大佛立在漫天冷雨里，俯首望著崖下沉沉黑霧，崖谷深處只餘下風雨呼嘯，再也聽不見孩童的聲響，該山峰也被當地領民稱之為稚兒墓、稚兒墓山。
庭院積雨混著血水緩緩流淌，昔日誦經棲身的古寺，頃刻淪為生死離別的修羅場。
以明要寺治房為首的僧俗還是低估了上杉軍的包圍密度，就算他們歷經千辛萬苦、生離死別，才逃下丹生山不久，就被早就埋伏由此的攝津池田勢團團包圍起來。
雖然攝津、播磨、丹波三國之人自幼就聽說過關于丹生山的不少傳說，不敢主動請纓擔任先手役，但他們還是敢在山下活動的。
先前在攻略淡河城的過程中，荒木村重已獲得討取別所家猛將、淡河家末代家督淡河定范，以及率先攻入淡河城獲得一番乘的顯赫之功，但他並不滿足於此。
為了能夠獲得上杉家重視，也為了能夠成為一方大名，荒木村重毫不猶豫的下令對面前的上百名僧俗舉起了屠刀。
結果毫無疑問，在沒有任何僧兵、武士、足輕的護衛下，手無寸鐵的上百名僧俗如同砧板上的魚肉，任人宰割。
還不到一刻鐘的功夫，自明要寺住持明要寺治房以下一百餘人皆被斬殺，無一倖免。
至此，歷經近千年香火，且多災多難的明要寺，還是沒能遠離被毀於兵燹的命運，只餘下荒山野跡，記述古剎葬身兵燹的滄桑。