之所以上杉定虎會選擇讓鳥屋尾滿榮這個上杉家外樣新參家臣來出任奈良奉行，是因為她看重鳥屋尾滿榮是原伊勢國司北畠家譜代家臣出身，熟悉大和境內的地理、人文，與寺院神社皆有一些交情。
至於先前被八條定繁擒獲的能登屋平久、紅屋宗陽、日比屋了珪、綱干屋道琳、天野屋覺甫等堺町會合眾豪商們，因暗中與三好家、毛利家、河野家、松永家、河內游佐家、玉井家等反上杉家一方勢力有所往來，上杉定虎也不打算派人將他們押往上杉家本據小田原城，而是直接下令將這些人押往京都六條河畔斬首示眾，並抄沒他們所有的資產，以資軍用。
而另一方面，播磨一國的戰事也步入了尾聲。
別所就治過於高看了別所家在播磨一國的影響力，也高估了自己的人緣。
先不說播磨明石家、高砂梶原家、櫛橋家、間島家等長期與別所家交好的東播磨國人領主們沒有一人舉兵響應，就連身為別所家一門親族眾的別所重棟都不願與上杉家刀兵相見，他在與之交好的堺町會合眾豪商津田宗及勸說下率先棄暗投明，並引導上杉軍攻略別所家治下的城池兵砦。
要知道，早在上杉家發兵討伐小寺家之時，別所就治就在友軍遇襲後按兵不動、隔岸觀火，導致下冷泉家、間島家、依藤家先後被小寺家重創，連時任家督冷泉為純、依藤秀長、間島氏常還被小寺軍討取。
這就使得播磨明石家、高砂梶原家、櫛橋家等原本與別所家交好的國人領主們皆對此感到極為不滿，與別所家之間的關係也是愈發疏遠。
不僅如此，八條定繁在獲知別所家叛離上杉家的訊息後，就立即與一向宗法主本願寺顯如進行交涉，要求其迅速向播磨方面下達御下文，勒令播磨境內的一向宗寺院、道場、講等各級設施不得對別所家提供任何支援，以及播磨境內的一向宗信徒、僧兵、坊官等不得支援或加入別所家一方，否則一律將處以破門的處置。
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如此一來，別所家在向上杉家舉起反旗後，在播磨境內沒有獲得任何大名、國人領主或寺院神社的支援，麾下家臣、領民還有不少人頻頻開小差逃跑，屢禁不止。
儘管現任別所家家督別所安治不願叛離上杉家，更不願與上杉家刀兵相見，他可是見識過上杉家的強盛，也知曉上杉家有以扎比•布萊克索恩為首的南蠻人相助，很難與之正面抗衡。
可是，如今別所家的大權皆被其父別所就治所掌控，使得別所安治根本無力進行阻止，與花瓶無異，只能聽之任之。
雖說別所家在舉兵之初，趁著上杉家忙於彈壓近畿諸國爆發的大規模國人一揆之際，派柏原治郎右衛門、黑田若狹守、中村壹岐守等家臣，去協助神吉賴定（神吉賴治）、上野定行（神吉定行，神吉賴定之叔）、神吉貞光（神吉定光，神吉賴定之叔）、神吉賴行（神吉賴之，神吉賴定之弟）、神吉三河守（神吉家庶流）等神吉一族之人發起一揆，襲取守備空虛的原神吉家本據神吉城（真名井城、奈幸子城）。
神吉家與別所家一樣，皆是赤松家的庶子家之一，家祖為赤松則村的曾孫赤松范次（神出范次、赤松元盛）。
因前任神吉家家督神吉賴氏選擇支援小寺家、本德寺等偽朝一方勢力與上杉家為敵，意圖擺脫別所家的控制，結果被前去支援柿崎勢的本庄繁長部一舉擊敗，神吉賴氏與其長男神吉信烈也被討取。之後，神吉家治下的神吉莊還被上杉家沒收，鼎盛時期領有一萬兩千貫的神吉家因此家名斷絕。
別所就治看在神吉家與別所家長期交好，且一直作為別所家的旗下國人領主，加上自己協助上杉家靜謐播磨、攝津等國屢立戰功，卻沒能獲得播磨守護代之職。他便冒著極大的風險，將神吉賴定、上野定行、神吉賴行等死裡逃生的神吉一族之人收攏庇護，意圖在必要之時讓神吉一族之人重返舊領發起國人一揆。
但是，隨著丹波、攝津兩國的上杉軍進入播磨境內後，東播磨諸郡的局勢瞬間呈現出一邊倒的狀態。
宇佐美定勝以七千餘軍勢將神吉城團團包圍後，並沒有立即發起強攻，而是對城中守軍進行調略寢反。
在宇佐美定勝看來，神吉城雖然是一座平城，但城防完善，且守軍嚴陣以待，若是強攻必然會付出一定的損失，並不值得自己去耗費大量的人力、物力，不戰而屈人之兵才是上上之策。
而神吉城中並非眾志成城、上下一心，生石神社（生石子神社）宮司神吉吉安（神吉賴定之弟）與神吉貞光看到上杉軍射來的箭書後，深知繼續與上杉家進行抗爭距離敗亡也只是時間問題，就在經過一番商議後，開始勸說神吉賴定儘快向上杉軍開城投降，以保全神吉一族的血脈。
可神吉賴定就是油鹽不進，執迷不悟，不僅當即拒絕開城投降的提議，還對神吉吉安、神吉貞光二人怒斥一番。
但神吉吉安、神吉貞光二人已有棄暗投明之心，只能向城外的上杉軍陣地射去箭書，表面自己願意降服，但苦為神吉賴定所脅制，故行止不得自由，還望上杉軍能暫緩一些時日攻城。
面對神吉城方面在開城投降上猶豫不決，宇佐美定勝可不願意長期頓兵於神吉城外，直接命人射出箭書，表示三天之內若是不主動開城投降，那麼自己將會發起猛攻，屆時神吉城周邊極有可能會造成生靈塗炭。
不自由咋辦呢？那多簡單啊，把限制自己自由的人給弄死，不就實現自由了嗎？
於是，神吉吉安、神吉貞光二人可不願意為行將覆滅的別所家殉葬，更不願意看到與神吉一族有著密切關係的生石神社，以及神吉家的菩提寺常樂寺也毀於兵燹。他們直接一狠心，趁著神吉賴定不備之際將其暗殺。
而後，神吉吉安、神吉貞光二人還對外謊稱神吉賴定突發惡疾，已病入膏肓，無法繼續指揮籠城，就代為指揮。
只是，神吉城中並非只有神吉家一家軍勢籠城固守，還有三百餘別所軍協防。
柏原治郎右衛門、黑田若狹守、中村壹岐守等協防神吉城的別所軍諸將很快就起了疑心，他們之前看神吉賴定還生龍活虎的，怎麼可能會在形勢緊急突然之間得了惡疾無法見人。