原本，三雲賢持、倉治右近介兩部在出其不意攻其不備的情況下，一舉奪回了石部城這個進出甲賀郡的重鎮要地，進而兵鋒直指六角家原先的本據觀音寺城。
可以說，六角家偷襲的開局非常好。
但是，六角家的武運並沒有因此而持續下去，更沒有獲得南近江諸郡的國人領主們蜂擁響應。反而在攻向觀音寺城的途中遭到以進藤賢盛、後藤高治等人為首的原六角家重臣們的頑強阻擊。
最終，三雲賢持、倉治右近介在糧草不濟、孤立無援的情況下，被迫退回了石部城。然而，他們的噩夢還沒有結束。
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儘管三雲賢持、倉治右近介二人頻頻向六角承禎、六角義治父子請求援軍和糧草支援，可他們不僅沒有獲得理想中的援軍和糧草，反而是一紙固守石部城的命令。
固若金湯的城池，有數量充足、好勇鬥狠的守軍進行守衛，若想要拿下這樣的防禦體系，如果沒有內應幫忙的前提下，就只有兩條路可走——強攻或長期圍困。
南宋守城大師陳規在他的《守城錄》中提到，要想守住城牆，每一步（古代兩跨為一步，大約1.5米）的距離上就應該有一位守衛者。
可巧婦難為無米之炊，在沒有足夠的糧草和兵力的情況下，是無法守住城池的。
加上石部城因在上杉家與六角家手中頻繁易手，導致城下町的領民幾乎所剩無幾，周邊村落更是十室九空。
這就意味著六角軍無法從周邊領民的手中獲得足夠的糧草輜重，就算驅趕僅剩下的領民進入石部城中協防，也是杯水車薪，聊勝於無。
而且，單單固守一座石部城是無法阻擋上杉軍的兵鋒。
位於石部城北面流經的野洲川北岸，就有谷城、菩提寺城、青木城，而石部城東南方還有丸岡城、美松山城、針城。
雖說六角軍一度奪回了石部城、谷城、菩提寺城、青木城等十餘座城池兵砦，但六角家並沒有充足的兵力去分兵駐守。
這就導致三雲賢持、倉治右近介二部被迫將收復不久的谷城、菩提寺城、青木城等失地大部分放棄，選擇收縮防線。同時，以三雲賢春（三雲賢持之子）、三雲成長（三雲成持之子）、三雲三郎左衛門等少數三雲一族諸將堅守三雲城，確保三雲家的根本之地不被上杉軍趁虛攻落。
而另一邊，因望月吉棟所領位於甲賀郡腹地，加上收留了佐治為次（佐治河內守之子）、多喜飛驒守（瀧飛驒守）、新城越前守、青木筑後守、大野宮內少輔、毛枚太郎、小泉外記、布施淡路守（布施家庶子家大森布施家家督）、伊佐野上野介、針文次郎（針和泉守之子）、筱山景春等諸多失領的同僚，以及六角軍潰兵，使得自身戰力不降反增。
畢竟，六角家只是在名義上領有甲賀郡，並不能對其進行直接統治。甲賀郡自從鉤之陣後，就開始實行郡中總的體制，在具體事務表決上更是實行少數服從多數的原則。
而六角承禎、六角義治父子自觀音寺騷動發生後，就與喪家之犬無異，還急需甲賀郡諸將的支援，否則身家性命都要不保了。
再加上，六角家在與上杉家的對抗中是損兵折將、丟城失地，更不敢指責像甲賀望月家這樣的有力國人領主，只能對其所作所為是聽之任之。
但甲賀望月家在實力不斷增強的同時，並沒有心懷貳意，反而是繼續忠於六角家。
望月吉棟深知六角軍在正面是無法與驍勇善戰、悍不畏死的上杉軍進行對抗，就選擇了拉長戰線，依託甲賀郡境內的有利地形來阻遏上杉軍的進攻步伐。
可六角家面對的上杉軍總大將是上杉家筆頭重臣上杉定虎。她穩重堅毅、沉默寡言，統兵號令嚴明、軍紀整肅。
加上上杉定虎有主君上杉清定授予的先斬後奏之權，只要有不聽軍令之人可以立即明正典刑，足輕、陣夫經過之處凡是敢擅自濫妨狼藉，一律斬首示眾。
而且，上杉定虎此番出陣近畿諸國，麾下軍勢還配備了大量的各式鐵炮，以及五門佛郎機炮。
故而，上杉軍的軍紀極佳，所向無敵，攻無不克，戰無不勝。
不僅如此，上杉定虎並沒有倉促發兵攻入六角領，而是在收復野洲郡、蒲生郡、神崎郡、栗太郡等地失地後，優先穩定當地局勢，並在確認大明使團已經安全離開美濃後，才發起對六角領的大規模侵攻。
即便望月吉棟與甲賀郡之中最擅長使用鐵炮的杉谷家家督杉谷與藤次聯手，仍然無法扭轉不利於六角家的局勢，更無法改變六角家覆滅的結局。
雖說望月吉棟以居城望月城為主，與固守在杉谷城的杉谷與藤次遙相呼應，互為掎角之勢，但他們並沒有多餘的兵力去支援位於望月城東北方僅有兩里不到距離的倉治城（倉地城、倉智城）、服部城。
由於先前倉治右近介已率家中大部分軍勢與三雲賢持一同行動，如今仍在石部城中籠城固守，導致倉治城中的守軍僅有一百餘人。
雖然與倉治城近在咫尺的服部城城主服部藤太夫（甲賀服部家家督）並沒有率軍出陣他處，但算上協防領民只勉強湊滿五百人，且良莠不齊，裝備簡陋。
結果毫無疑問，齋藤朝信、神余親綱、木下秀吉、蒲生賢秀等將以兩萬三千餘軍勢，幾乎沒有遇到什麼阻力，在大量鐵炮、弓矢的火力壓制下，上杉軍一舉將倉治城攻落，自守將倉治甚左衛門（倉治右近介之子）以下一百餘人盡數被討取，無一倖免。
服部藤太夫自知兵力寡少，力不能敵，直接選擇棄城而逃，絲毫不顧友軍以及家臣、領民的死活，將服部城拱手讓給了上杉軍。
如此一來，杉谷城就完全顯露在上杉軍的兵鋒之下。
齋藤朝信可不打算給六角家諸將有絲毫喘息之機，他絲毫沒有止步於服部城的想法，而是以絕對的兵力、裝備優勢，繼續向杉谷城攻去。
終究杉谷家是個小國人領主，財力有限，根本不能裝備太多的鐵炮，全城上下，僅有二十挺鐵炮。反觀城外的上杉軍，就裝備了各式鐵炮一千五百餘挺。
隨後，杉谷城的守軍就被上杉軍的弓矢、鐵炮壓制的都抬不起頭來，根本無法做到反擊。
而上杉軍也趁機迅速迫近杉谷城下，木下秀吉麾下川並眾的蜂須賀正勝更是先登陷陣，率先利用鉤索翻入城中，取得了一番乘之功，並擊潰守軍，奪取了大手門的控制權，進而開啟大手門，迎友軍攻入城中。