川並眾雖然率先攻入了杉谷城中，並奪取了大手門的控制權，但兵力不足，僅有三百餘人，無法在短時間內進一步擴大戰果。
而且，蜂須賀正勝並非貪功冒進之人，他深知川並眾是主君木下秀吉的嫡系班底，若是在戰事中消耗殆盡，那麼之後就算木下秀吉從上杉家處獲封大量領地也是無法順利進行治理、戍守的。
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之後接替川並眾的是上杉家常備軍勢之中的右虎捷備。
右虎捷備是上杉家較早設定的常備軍勢之一，參與了不少大戰、惡戰，可謂是征則摧鋒破陣，守則堅壁禦侮，作戰經驗極為豐富。
加上杉谷城是城塹卑淺，守備俱乏，本就很難獨自堅守下去。
在齋藤家信、齋藤加左衛門、野呂信滿等越後齋藤家諸將的身先士卒的奮戰之下，杉谷城二之丸還不到半個時辰的時間就被壓制，進而開始圍攻本丸。
杉谷與藤次在獲知大手門易手，以及二之丸陷落後，就知道意識到大勢已去，自己已無法突圍離開杉谷城，加上自己的嫡男杉谷善住坊還前去行刺正親町天皇與上杉清定失敗，就算是主動開城投降也無法確保家名存續與一族安泰。
於是，杉谷與藤次就將本丸府庫里存放的錢糧分與剩餘守軍，令他們分散突圍逃命，自己則是與家眷一起於本丸大廣間中或是切腹或是自刎而亡。
就這樣，甲賀五十三家杉谷家一族覆滅。
當杉谷城陷落，杉谷與藤次兵敗自盡的訊息傳入望月城後，望月吉棟不禁絕望的說道：「勢衰微不支矣！」
其實，望月吉棟也不是故意儲存實力而按兵不動，而是六角領與仁木領一樣，皆遭到上杉家的嚴密封鎖，食鹽、糧食、戰馬、火藥、武具等各種物資都無法輸入六角領。
若不是望月吉棟之前屯有一批食鹽，恐怕望月城如今連一個可戰之兵都沒有，更別提收攏六角軍的潰兵了。
再加上，望月吉棟對齋藤朝信的事跡也略知一二。
之所以望月吉棟沒有派出麾下忍者對上杉軍的小荷馱隊或營地進行襲擾，是因為他深知齋藤朝信「越後鍾馗」這個諢名可不是浪得虛名，不僅貌極威嚴可怖，在戰場上更是勇猛無畏，而且還是上杉家中少有的文武兼備之人。
即便齋藤朝信屢立戰功，並被上杉清定信賴和重用，但從不居功自傲。可謂是上馬能領兵出陣、沖陣破敵，下馬能保境安民。
在望月吉棟看來，自己就算派出忍者或小股軍勢對上杉軍發起襲擾，極有可能是大部分情況下是有去無回，白白折損寶貴的戰力，完全得不償失。
當然，望月吉棟可不敢保證派出去的人會真的聽從自己的命令去襲擾上杉軍，而不是趁機逃離，躲入深山密林之中。
對於甲賀望月家的治下領民以及望月城的城兵來說，他們本來就與上杉家沒有什麼深仇大恨，犯不著為了已經被指認為朝敵，且兵敗地失、人心盡喪的六角家盡忠到底。
更何況，甲賀望月家治下領民可沒有受到六角家的恩顧，不論是甲賀望月家還是上杉家來統治他們，仍然是要負擔軍役、勞役，並無太大的區別。
反觀六角家旗下的甲賀郡國人領主們，他們要是不再支援主家六角家，那麼六角家就真玩完了，上杉家就真壓制近江全境了，他們是真愛六角家，真怕它玩完。
而此時的望月吉棟可是指望著自己儘可能的拖住上杉軍，等待主君六角承禎率軍前來馳援，並與自己裡應外合，將城外的上杉軍一舉擊潰。
距離杉谷城陷落僅僅不到一刻鐘的功夫，上杉軍先陣蒲生賢秀部就已經兵臨望月城城下了。
此時的望月城外是黃塵蔽天，旌旗獵獵，殺氣彌天。
不過，出乎望月城上下意料之外的是，齋藤朝信並沒有立即下令對望月城發起猛攻。
暫時受齋藤朝信節制的神余親綱、木下秀吉、蒲生賢秀等人皆對此感到非常疑惑，如今己方優勢如此明顯，為何不挾大勝之餘威繼續對望月城發起猛攻，反而是進行圍城。
隨後，齋藤朝信就緩緩向參陣諸將進行解釋：「望月出雲守是六角家重臣，勇猛善斗，屢立戰功，況且城池修築於稻荷山上，北有杉谷川流經，作為天然水堀，加上望月城樓堞完固，不可輕視。如今他居高臨下憑城而斗，我軍仰而攻之無異於將士卒投於湯火！勇有盛衰，攻有緩急，時有可否，事有後先，不如且設長圍而守，斷絕其與外界聯絡，我軍厲兵秣馬，坐食轉輸，等城中無食，公私皆竭後再進梯衝以攻之，飛羽檄以招之，屆時其城中將士脫身逃死，父子且不相保，況烏合之眾乎，至於六角入道承禎、六角次郎父子那裡，有細川兵部侍郎（兵部大輔唐名）、六角修理大夫、進藤山城守、後藤左衛門尉等己方諸將分兵絆住即可，不必過於擔心。況且，總大將千秋霜台殿還率本隊居後，伺機而動。」
就這樣，齋藤朝信命蒲生賢秀再徵召領內青壯一千餘人參陣，協助上杉軍挖掘長壕，製造逆茂木、木柵等，將望月城給團團包圍起來。
不過，六角承禎、六角義治父子二人卻並不打算在甲賀郡境內戰至最後一兵一卒，更不打算去發兵馳援被上杉軍團團包圍起來的望月城，反而是準備放棄僅剩的所領，逃往四國或西國，避免兵敗被上杉軍俘虜受辱。
在六角承禎、六角義治父子看來，如今已無法指望僅剩下的甲賀郡諸將恢復六角家舊領和曾經的本據觀音寺城。
起初，甲賀五十三家聽起來挺唬人，聲勢挺大，好像還有點東漢末年關東十八路諸侯那個意思，並非鐵板一塊。
先不說率先倒向上杉家的多羅尾家，與蒲生家聯姻的美濃部家也在上杉家上一次大規模侵攻甲賀郡之際倒戈，現任美濃部家家督美濃部上總介還因功獲得一字拜領，更名為美濃部定茂。
不僅如此，山中俊秀、小川元政等少數甲賀五十三家庶流出身之人皆先後出仕上杉家。
畢竟，甲賀郡中總與伊賀總國一樣，皆是嫡長繼承制，而出身庶流之人在嫡流尚未絕嗣之前，是無緣家督、一門總領之位的。
為了能夠順利逃離甲賀郡，六角承禎、六角義治父子還特意讓河端義政、知高左衛門、筧藤之進、犬飼左門、羽甲弦八郎、柊木清吉、黑岩權十郎等投奔自己的仁木家餘孽來留守奧谷城，他們則是以馳援石部城為由，帶著春岳宗椿（六角承禎正室，畠山義總之女，原正室匠作御前之妹）、近江御前（六角承禎之女，畠山義綱未亡人）、畠山次郎丸（畠山義綱之子）等家眷、部分六角家一門親族眾、馬廻眾等一行共一百餘人離開了奧谷城。