成化元年十月，沙洲衛城南，天策軍大營。
隨著朝廷發布了私掠令，大明對荷蘭人的形勢逐漸大好，形成了壓倒性的優勢。
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緊接著，劉君韜收到了兵部以及幕府情報部先後送來的利好消息：
月前，中府都督同知、拜征夷將軍趙輔督率三萬先頭部隊南下，徑直開進廣西，經全州直達桂林，並在中途順勢擊破一些叛亂的苗人。
先頭大軍在抵達桂林後，趙輔又將四個失職將領斬首示眾，恩威並施，自此明軍軍心大振。
幾天後，趙輔根據情報判斷賊首侯大狗以荔浦、修仁兩縣為兩翼掩護其核心根據地，於是便兵分五路進攻荔浦、修仁，以孤立大藤峽。連同後續趕來的十幾萬明軍將士以強大兵力首先將修仁的叛軍主力擊潰，此戰共斬殺叛軍七千三百多人，生擒一千兩百多人。隨後，荔浦也被攻破。
自此，大藤峽以北門戶洞開，趙輔迅速率軍到達大藤峽南面的桂平，開始部署圍剿。
趙輔將十六萬大軍分為左右兩個兵團： 右翼兵團六萬八千人，自象州、武宣南下，分五路進攻大藤峽之北；左翼兵團九萬兩千人，由桂平、平南分八路進攻大藤峽之南。
而後，趙輔又派軍扼守大藤峽東西要隘，設置伏兵，截斷瑤民往東、西兩個方向的退路。
面對明軍的圍剿，賊首侯大狗採取了游擊戰慣用的誘敵戰術。他派幾十個上了年紀的人裝扮成儒生里老，在明軍進軍的道路上跪拜迎接。他們聲稱長期被賊軍困擾，不敢反抗，現在願投靠官軍做先鋒，企圖尋機刺殺趙輔。
當這些人出現在官軍周圍時，趙輔立即命令士兵將他們逮捕。當搜出了暗藏的匕首後，這些細作全部被明軍斬首分屍並懸掛在山林的樹杈上。
在明軍兩翼完成包圍部署之後，趙輔隨即下令發動進攻。官軍兵分十餘路、水陸並進，對大藤峽進行腹背夾擊，勢如巨石壓卵。
賊首侯大狗知道這次進攻非同尋常，便將老弱婦孺及錢糧等重要物資轉移到大山深處，並在山南險要處豎立數重木柵作為防禦工事，修築營盤作為據點，準備了大量滾石、檑木、長槍、標槍、毒矢等輕重武器，嚴陣以待。
隨後官軍四面包圍，使用火箭、團牌、火銃和登山器械對大藤峽的十幾處山寨發起猛攻。激戰中，明軍將士人多勢眾，又備有登山利器，故而冒死上山，縱火焚毀了不少木柵。此時叛軍留守峽中的軍隊僅一萬多人，眾寡懸殊，賊首侯大狗不得不放棄第一線，轉移到九層樓等處據守。
大藤峽核心據點是九層樓，又名九重崖。山頂有九個山峰，因山巒重迭如階梯，共九層，故得名。四周崖壁陡峭，僅有一條的小路可上山頂，易守難攻。官軍尾追而至，想從小路登山，被瑤民用滾石、檑木、毒箭打死數百人，攻勢頓挫。激戰數晝夜，九層樓巋然不動。
趙輔見狀決定採取佯攻，多設疑兵，誘使義軍大量消耗木石、標槍、毒箭；一面採取火攻，集中火箭、火炮向九層樓攻擊。在明軍猛烈的火力打擊下，叛軍陣地上的木柵燃起熊熊大火，壘石而成的防禦工事也陸續倒塌。此時，趙輔再次命令敢死隊向山頂突擊。面對官軍多個方向的夾擊，賊首侯大狗終於抵擋不住，隊伍紛紛潰敗。在外地作戰的叛軍被明軍封鎖線攔截，無法回援，九層樓最終被官軍攻陷。
此戰明軍攻破大藤峽賊寇大小營寨三百二十四所，殺三千二百零七人，俘獲包括賊首侯大狗在內的七百八十二人，還擄走了兩千七百一十八名婦女。叛軍戰死、潰逃、溺斃、墮崖而亡者在萬人以上。
戰役結束後，中府都督同知、拜征夷將軍趙輔命人砍斷大藤峽那根有名的大藤，把斷藤蒙上牛皮做成數面大鼓，作為戰利品送往廣州、梧州、肇慶的官府衙門。
劉君韜只見幕府情報部送來的消息中顯示，趙輔在戰後為了自彰其功，改大藤峽為「斷藤峽」，撰寫碑文刻成《趙輔紀功碑》，豎之於大藤峽北岸。不禁搖了搖頭，暗道：「此人雖然戰功不小、很會打仗，但太過招搖了！」
而兵部發來的公文則顯示，大藤峽大亂既平，各路明軍班師凱旋，諸將官彈冠相慶。都督趙輔被封為伯爵，世襲罔替；他的一個兒子被恩賜錦衣衛鎮撫的官銜。並且，成化帝讓趙輔專門負責兩廣軍務。
相比於大藤峽戰事的順利，征剿荊襄叛亂的戰事就有些曲折了。
當三千營兼神機營統領朱永率軍趕到戰場之後，賊首劉通與其謀士石龍引誘明軍深入險境，依靠天險，在梯兒崖重創官軍，明軍一時竟不能奈何義軍。
對於這次失敗，成化帝並沒有下旨斥責朱永，而是繼續為其調集援兵和輜重，這一點讓劉君韜很是讚嘆，認為成化帝非常明智。
而朱永也沒有讓成化帝失望，僅用了十餘天的時間，便再次集結重兵，數萬大軍兵分四路，犄角並進，對賊首劉通的叛軍展開圍追堵截。
這一次明軍軍力占據絕對優勢，最終四路大軍將叛軍主力團團圍住，一場大戰下來，叛軍傷亡者無算，被擊斬萬人，賊首劉通也被抓捕，只有其軍師石龍等殘部倉皇逃往四川，轉掠巫山、大昌兩地。
而後，朱永繼續率領大軍展開追擊，在半月之前終於將賊寇白圭殘部徹底剿滅。
在平叛的同時，鑑於荊襄流民問題嚴峻，成化帝已經開始重視，並還啟用名臣王恕為都察院右副都御使撫治南陽荊襄三府流民。
在戰事接近尾聲的時候，王恕在荊襄地區賑濟饑民，安撫百姓各歸其業，瓦解了賊首劉通的統治基礎，並在起義撲滅後，又建議朱永在緊要關隘設置守備，加強地區控制，朱永也是奏請成化帝後，一一照做。
如今，大明南方、西北、東部海域的四場戰事已經有三場取勝，就剩下西北這一處戰事還在進行中。
劉君韜也是激動不已，在接到兩地捷報的當天，便召集了天策軍各部總兵官，以及陝西鎮總兵官牛嶺與，在中軍大帳議事。
劉君韜對眾人宣布了消息，眾人都是振奮不已，紛紛請戰，請求即刻對癿加思蘭所部韃虜大軍展開總攻。
劉君韜眼見軍心可用，便說道：「我西北大軍乃是大明軍將戰力的巔峰！如今其餘幾處戰事都已經取勝，我天策軍也不能落後！」
「請兵憲下令！」
劉君韜環視左右，大聲說道：「兩天之後，陝西鎮兵馬進攻沙洲衛城東，天策軍各部分頭進攻沙洲衛城西、城南！此戰即為決戰，諸君務必決死一戰，不破沙洲衛城，大軍絕不後退！」
「願隨兵憲攻破沙州、驅逐韃虜！」
兩天之後，劉君韜指揮天策軍各部以及陝西鎮的三萬多兵馬合圍沙洲衛城，將近十萬大軍將二十多萬韃虜大軍堵在城內，隨即展開猛攻。
在這段時間的對戰中，明軍、特別是天策軍的火器讓癿加思蘭感到無比的震驚，一向引以為傲的鐵騎作戰，在明軍犀利的火器面前，竟然占不到一點便宜，甚至還損兵折將，短短時間便折損了兩萬大軍。
出征時的三十萬大軍打到現在，只剩下二十五萬人馬，還已經是士氣低落，被不到己方一半兵力的明軍堵在城內一陣猛打！
這樣的戰鬥，讓一向自以為是的癿加思蘭無法忍受，於是便集中了城內的五萬鐵騎精銳，不斷從沒有明軍進攻的北門出擊，對明軍各部展開一輪又一輪的反擊。
劉君韜見狀也毫不示弱，直接將天策軍各部配屬的鐵騎將士集中起來，指揮著數千鐵騎將士展開反擊。
雖然天策軍鐵騎數量只有韃虜鐵騎的十分之一，但是配合各部的炮陣、鳥銃大橫陣，竟然也打得有聲有色，五萬韃虜鐵騎竟然討不到一點便宜！
雙方在展開奪城大戰的同時，也在城外的曠野中展開了一場又一場的鐵騎對決，一直持續了八天時間。
在這八天裡，癿加思蘭便損失了三萬大軍，其中有一半還是最為精銳的鐵騎兵士，於是最先支撐不住，率領剩下的二十二萬兵馬向北突圍沖了出去。
而明軍也損失不小，天策軍各部折損將士近千人，大部分都是各部配屬的鐵騎將士；陝西鎮兵馬折損兩千多人，大軍已經到了極限。
兩天之後，劉君韜率部在沙洲衛城休整了一番之後，便得知癿加思蘭率部撤回了哈密衛。
於是劉君韜毫不猶豫，命令陝西鎮總兵官牛嶺與率部駐守沙洲衛城，命令兩萬多京營將士趕來與陝西鎮兵馬匯合駐守，命令駐守嘉峪關的太原鎮總兵官嚴虎率領鷹揚軍急速趕來增援。
而後，劉君韜在沙洲衛城停留了三天，便率領天策軍揮師西進，準備與癿加思蘭所部決戰於哈密衛城下。