就在織田信長發兵圍攻尾張春日井郡品野城之際，中條藤資在眾意難違的情況下，還是採納了真田幸隆的建議，發兵直取三河一向一揆眾的賊巢——本證寺。
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畢竟，揚北眾諸將本就不是鐵板一塊。尤其是曾經站在越後守護上杉家一方的黑川家、色部家。
色部勝長、黑川清實雖然表面上是服從總大將中條藤資的節制，但實際上還是不願對其言聽計從。見真田幸隆這個上杉家的外樣新參家臣屢屢反對中條藤資的決策，他們二人出於曾經的宿怨，便不約而同地選擇支持真田幸隆。
之所以中條藤資會一度急匆匆召回追擊一向一揆眾潰軍的望月信雅所部，從表面上看是因為他並沒有絕對的把握去攻落一向一揆眾的賊巢本證寺。一旦失利，極有可能將會前功盡棄。
但實際上，中條藤資對於此次率軍出陣三河，協助北條家彈壓一向一揆還是比較牴觸的。
因為，北條家與上杉家之間是同盟關係，使得上杉軍在進入北條領後必須要軍紀嚴明，不得亂取以及濫妨狼藉，使得上杉軍此次在討伐一向一揆的過程中都沒撈到什麼油水。
但是，隨著圓光寺順正率一萬餘一向一揆眾久攻西條城不下的消息傳來後，中條藤資便意識到擊敗一向一揆眾，從而迅速結束三河一國的戰事時機已至。
畢竟，小笠原長時潛入信濃意圖煽動國人一揆的消息已經傳入了三河境內，中條藤資非常擔心自己領地會發生連鎖反應。
於是，中條藤資便採納了真田幸隆的建議，以新保景重所部一千五百餘軍勢留守在姬山，自己則是與其餘參陣諸將一同率一萬五千餘軍勢，挾大勝之餘威迅速北上。
加上還有北條綱成所部於本證寺的北面積極策應，使得上杉·北條聯軍很快就將本證寺外圍的門前町盡數壓制，並將大部分門前町的建築燒毀。
在上杉·北條聯軍強大的氣勢下，渡邊高綱（渡邊守綱之父）、松平正親（大草松平昌久之子）等人在上杉·北條聯軍尚未完成對本證寺的包圍之際，就直接縋城而下，向上杉·北條聯軍投降。
頓時，本證寺之中是人心惶惶不可終日。
就算本證寺玄海、本證寺空誓這對翁婿，再怎麼約束，也是無濟於事。他們完全沒有料到這些三河武士竟然會在這節骨眼兒上靠不住，只能對三河武士痛罵一番來泄憤。
儘管本證寺有著堅固的城防，但此時一向一揆眾的士氣已經徹底崩潰，加上鯨山之戰中本證寺也折損了不少僧兵、坊官，恐懼早就在本證寺中蔓延開來，大量一向一揆眾毫無戰意。
不單單是武士、浪人、領民，就連一部分僧侶、坊官也紛紛效仿渡邊高綱、松平正親等人爭相向上杉·北條聯軍投降。
原先，本證寺玄海、本證寺空誓還盤算著堅守本證寺至圓光寺順正彈壓幡豆郡的反對勢力回師救援。可沒曾想，沒骨氣的人是越來越多。
最後，本證寺玄海、本證寺空誓便意識到大勢已去，人心盡失，再也無法堅守下去。
在與寺中的僧官、坊官進行商議一番後，本證寺玄海、本證寺空誓便決定開城投降，以不濫殺無辜為前提，將本證寺交給上杉·北條聯軍接收，並解散寺中僅剩的七千餘一向一揆眾。
天文二十三年，二月二十五日，清晨。
臉色蒼白、雙目紅腫的本證寺玄海、本證寺空誓二人萬念俱灰的帶著七千餘一向一揆眾離開了本證寺，來到上杉·北條聯軍陣前，正式投降，並將本證寺交由上杉·北條聯軍接管。
中條藤資、山本寺定長、色部勝長、黑川清實、大熊朝秀等上杉軍諸將，以及北條氏康、北條氏政父子為了避免再度與本證寺麾下的一向一揆眾再起爭端，便接受了本證寺的投降，並嚴厲約束己方軍勢，不得濫妨狼藉以及濫殺無辜。
至於本證寺玄海、本證寺空誓二人，在中條藤資、北條氏康的許可下，僅率十名僧兵經海路退往長島願證寺。
隨著一向宗三河三寺之首的本證寺降服以後，就相當於三河一向一揆眾的首級已經被上杉·北條聯軍斬去，只剩下實力僅存的上宮寺、圓光寺兩座寺院，以及遭到重創的本宗寺、勝曼寺。
可首腦不存，其身軀、手足尚存又有何用？
當本證寺降服的消息迅速傳遍了三河一國全境後，大部分的一向一揆眾紛紛偃旗息鼓，不再主動對北條家治下的城池兵砦，以及小荷馱隊進行襲擾。
而上宮寺勝祐、上宮寺信祐、勝曼寺順誓、圓光寺順正等一向一揆眾高層卻並不如本證寺玄海、本證寺空誓那樣識時務，反而打算繼續負隅頑抗。
可是，如今的一向一揆眾實力已大不如前，顯然不是上杉·北條聯軍的對手。
很快，上杉·北條聯軍在接收本證寺後不久，便攻落了本宗寺，討取了三千餘一向一揆眾。
之後，上杉·北條聯軍還順勢將上宮寺、勝曼寺兩寺包圍起來，並切斷了圓光寺順正所部一向一揆眾與上宮寺、勝曼寺之間的聯繫。
圓光寺順正麾下的一向一揆眾在獲知本證寺降服，以及上宮寺、勝曼寺兩寺已被上杉·北條聯軍包圍孤立以後，如同驚弓之鳥一般，並不願追隨圓光寺順正繼續與上杉·北條聯軍交鋒。
由於參陣的僧官、坊官在是否繼續與上杉·北條聯軍交鋒的問題上達成一致，使得圓光寺順正所部的一向一揆眾反而陷入了兩面夾擊的窘境之中。
先前被困於西條城中的上杉軍，站在城頭遠遠看見大量帶有上杉家家紋的竹雀紋旗幟，以及總大將中條藤資的『山』字旗印後，就知道他們即將得救，可謂是人人歡聲雷動。
在中條藤資的一聲令下下，上杉軍各部從各個方向猛攻西條城外圍一向一揆眾所築的營砦。
被圍在西條城中的西尾義次、羽黑資茂、大河內信貞等將也擂響太鼓、吹響法螺，從城中殺出，與城外的援軍內外夾擊，奮力破圍。
面對上杉軍那凌厲的攻勢，一向一揆眾是進退失據、左支右絀，最後接連被攻落了二十多座個營砦。