雖說此時的三好家是雄踞近畿諸國，並與六角家之間的關係迅速升溫，但並不代表三好長慶就真的坐穩天下人的寶座了。
在三好家彈壓了細川晴元方武將波多野元秀的舉兵後，本應成為三好家後方的攝津一國反而出現了不穩的跡象。
就在三好長慶舉辦的「天文三好千句」連歌會結束不久，芥川山城城主芥川孫十郎、池田城城主池田長正等攝津一國的有力國人領主們降而復叛。
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其中，芥川孫十郎按輩分來說還是三好長慶之叔。芥川家當年為了支持細川澄元，就迎接了三好之長之子三好長則入嗣。
然而，在這次舉兵與三好家敵對的攝津國人領主們之中，大多數人雖然在三好長慶與細川晴元、三好政長敵對時站在了三好長慶的一方，但是這不代表他們反對細川晴元出任京兆細川家的家督。
池田家更不用說了，池田長正之母就是細川晴元的親信重臣三好政長之女，鐵桿的細川晴元一方。
儘管細川晴元則被廢掉細川京兆家家督之位，出家入道，法號「永川」，前往若狹國隱居，但並不代表他就此忍氣吞聲下去，他依舊有著奪回失去權位的想法。
所以，細川晴元在其連襟若狹守護武田信豐的牽線搭橋之下，聯繫上了曾經的舊部芥川孫十郎、池田長正、波多野元秀、赤井時家等人，趁著三好長慶大肆舉辦連歌會之際，於攝津一國掀起大規模的國人一揆。只要三好長慶糾集兵力進入攝津，那麼自己就能號召位于丹波、播磨、丹後等地的舊部，反攻山城，屆時還能挾朝廷、足利將軍家以令諸侯。
隨著以芥川孫十郎、池田長正等人為首的攝津國人領主們掀起反旗的消息傳至三好長慶處後，他已然顧不得阻遏朝廷授予上杉清定官位一事了。
雖然三好長慶在獲知朝廷授予上杉清定從二位大納言兼參議的官位後是深感不滿，但此時自家的後院已經起火，孰輕孰重他還是非常清楚的。
加上朝倉家、齋藤家、北條家等有力大名皆是站在上杉家一方，且伊勢北畠家、一色家等近畿大名皆保持中立，沒有任何支持足利將軍家、三好家一方的行為和想法，就使得三好長慶不得不默許了朝廷的這一行為。
畢竟，三好長慶自知眼下的三好家尚無兩線作戰的實力，此時還需要穩住上杉家，避免上杉家趁機介入近畿諸國的戰事之中。
而後，三好長慶並沒有因攝津一國爆發國人一揆而感到慌張，反而火速派遣使者前往淡路、阿波、讃岐三國，調集重兵雲集攝津。
得益於淡路水軍眾的活躍表現，使得來自淡路、阿波、讃岐三國的三好軍迅速渡海，並順利登陸越水城周邊。
不過，攝津的國人一揆是雷聲大雨點小。
原先鬧得最歡騰的芥川家、池田家在見三好家旗下的阿波眾、淡路眾、讃岐眾登陸攝津之後根本不敢動彈，只能被動的籠城固守。還有不少響應芥川家、池田家的國人領主們也因三好長慶的調略而逐一被化解。
為了避免原細川晴元一方的武將們擁戴細川晴元之子細川聰明丸為主向三好家舉起反旗，三好長慶在穩固攝津一國的局勢後，立即將細川聰明丸從京都接到了曾經的本據越水城之中軟禁。
而另一邊，割據東播磨的有力國人領主別所家本就因三好家協助原主家赤松家對自己的侵攻而感到不滿，在攝津爆發國人一揆後，別所就治便支持波多野元秀、赤井時家、荻野直正等原先逃入播磨一國避難的細川晴元一方武將重返丹波。
三好長慶好不容易穩固了攝津一國的局勢後，卻又接到丹波守護代內藤國貞的求援，他不得不稍作休整後就與伊勢貞孝一同率軍自京都出陣丹波，前往支援己方的內藤國貞。
然而，令三好長慶沒有料到的是，他才率軍進入丹波境內不久，細川晴元卻突然在其背後舉兵，悍然糾集舊部並迅速率軍攻入山城的船岡山一帶，甚至還有攻入京都的跡象。
如此一來，三好長慶不得不終止了出陣丹波，並迅速退兵至攝津境內重整旗鼓。
與此同時，身在室町御所的足利義藤倒是沒有對三好長慶落井下石，反而為了抵抗細川晴元的入侵，糾集了為數不多的奉公眾進入了靈山城進行防禦，並致信六角義賢，讓其不得支持細川晴元。
雖說金吾畠山家家督畠山高政是看不慣三好長慶把持幕政一事，但他不願看到細川晴元重返京都，更不願細川晴元奪回京兆細川家家督、管領等職。
所以，畠山高政在獲知細川晴元攻入山城境內後，就立即徵召軍勢，選擇支持三好長慶，算是還三好長慶之前的一個人情。
隨著三好長慶與畠山高政所部軍勢合流後，三好·金吾畠山聯軍以五萬大軍浩浩蕩蕩開向京都，自知兵力寡少，且無力抵禦三好·金吾畠山聯軍的細川晴元只得被迫率軍退入丹波境內。畢竟，留得青山在不愁沒柴燒。
在細川晴元率軍撤入丹波以後，孤軍奮戰的芥川孫十郎、池田長正等人也只好被迫開城向三好長慶降服，攝津一國再度被三好家靜謐。
為了避免攝津一國再度爆發國人一揆、減輕內藤國貞的壓力，以及為了支援己方的播磨守護赤松晴政，三好長慶便派遣攝津有馬城城主有馬村秀作為先導役，三好義賢為總大將、安宅冬康為副將、三好長逸為軍奉行，以三萬大軍出陣播磨國。
赤松家本是可以出任「四職」之一侍所所司的家格，併兼任播磨、美作、備前等國的守護職。
雖然赤松家在嘉吉之亂後一度沒落，但是經過赤松一族的不懈努力，於戰國時代又重新復興了家業。
然而，足利義藤卻為了拉攏山陽、山陰兩道的新興霸主尼子晴久，便無故沒收了赤松家的美作、備前等國的守護職，轉而賜予了尼子晴久。
隨著赤松家失去了治理美作、備前等地的大義名分，備前守護代浦上家以及播磨的別所家、明石家等備前、播磨等地的有力國人領主們紛紛起兵作亂。
這就使得赤松晴政根本無力去彈壓各地此起彼伏的國人一揆以及重臣反叛，只得通過同族攝津有馬家向三好家請求援軍。
在三好家的強大攻勢下，別所家、明石家等東播磨的有力國人領主們為了保全家名存續，只得選擇了向三好家降服，並在三好家的斡旋下與原主君赤松晴政進行停戰議和。
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