儘管別所就治、別所安治父子先後請降，加上站在上杉家一方的別所重棟多番求情，但八條定繁是不為所動。
經過別所家兩次詐降後，八條定繁認為別所家是反覆無常，知其詭譎，心下猜忌已深，拒不納降。
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而且，上杉家方面不是沒有給過別所家投降歸參的機會。
連身在相模小田原城的上杉清定，看在別所家作為播磨最先倒向上杉家一方的大名，以及為上杉家牽制三好家、攝津有馬家等敵對勢力的一部分兵力，之後還為上杉家靜謐播磨的過程中出兵出力，這才沒有讓朝廷、足利將軍家指認別所家為朝敵、禦敵。
可別所就治不僅沒有好好珍惜重返上杉家旗下的機會，反而繼續站在偽朝一方與上杉家刀兵相見，並接受了偽朝授予的從三位中納言兼播磨守的官位，以及播磨、攝津兩國守護職。
在別所就治看來，自己之前倒向上杉家一方，並為其出兵出力，就是為了能夠在上杉家成為扶桑新一代霸主後獲得播磨的守護或守護代的役職，以取代總領家赤松家的地位。
但上杉家就因為別所家沒有及時發兵馳援遭到小寺軍奇襲的下冷泉家、間島家、依藤家，直接對別所家進行功過相抵。加上上杉家還在播磨一國靜謐後，還進行了大規模的檢地，讓播磨境內的所有大名、國人領主從此喪失了原先擁有包括守護不入在內的特權。
這就導致別所就治對上杉家感到非常失望，從而心懷貳意。
可以說，忠心這個東西對於別所就治，就像導電性之於絕緣體——完全是不存在的。
就在松永久秀、岩成友通、太田垣朝延、游佐信教、玉井三河守、有馬重則、三個賴照、田原對馬守等人相繼舉兵叛離上杉家，讓上杉家在近畿諸國的統治搖搖欲墜的時候，生性不安分的別所就治也按捺不住了，他決定趁機叛離上杉家，響應近畿諸國的國人一揆。
其實，別所就治一直志在割據，此前雖然臣從了上杉家，可由於那時上杉家的統治範圍主要在東海道、北陸道、東山道等地，對山陽道最東端的播磨是鞭長莫及。
不過，等上杉家發兵上洛，並將三好家的勢力逐出近畿諸國後，局面就大不一樣了。別所家無法繼續在東播磨半國之地稱霸和維持影響力。
故而，別所就治不得不與上杉家為敵了。
當然，別所就治之所以敢冒著被播磨境內的上杉家諸將圍攻的風險向上杉家舉起反旗，還有一個重要原因——別所家所領與攝津有馬領、太田垣領接壤，就算上杉家發兵討伐，也不是最先討伐別所家。加上毛利家、三好家、河野家等反上杉家一方的有力大名們還能透過海路與自己進行聯絡。就算出師不利，別所家也能固守本據三木城，堅守至勢窮力竭後再降服於上杉家軍門之下即可。
進可割據一方，退能保全性命，這樣的事，為什麼不干呢？
顯然，別所就治過於高估近畿諸國國人一揆的實力，以及自我感覺良好，自以為是。
還沒等別所就治將東播磨半國之地盡數壓制，松永家、岩成家、玉井家、河內田原家、河內游佐家、三個家等反上杉家一方的大名、國人領主就先後被攻滅。
即使別所家先發制人，襲取宿敵下冷泉家大部分領地，還是沒能順利獲得明石湊這個重要的出海口。
在明石祐行、三宅治忠等上杉家諸將的奮戰，以及池田勝正、浦野重次、芥川孫十郎等攝津諸將的策應支援之下，使得別所就治在明石郡的攻略幾乎沒有進展。
得益於一向宗法主本願寺顯如先前下達的御下文，使得播磨、攝津兩國的一向宗信徒皆熱情響應上杉家的徵召，不僅協助上杉軍輸送糧草輜重，還參與對別所家本據三木城外圍的付城修築。
這就使得三木城外圍的付城增加到四十座之多。
而另一方面，就在八條定繁率軍對三木城展開圍攻的同時，上杉定虎在穩定了近江、伊賀、大和三國局勢，以及進行一番休整後，就率九萬八千餘軍勢，兩萬五千餘陣夫，在翻越丹波與山城境目地帶的愛宕山後進入丹波境內，前去協助山名家討伐於但馬、丹波兩國興兵作亂的太田垣家、丹波仁木家。
得益於宇佐美定勝轉封至丹波後，就於桑田郡、船井郡、多紀郡、何鹿郡等地整備道路、加固橋樑，使得上杉軍在山路行軍的過程中，並沒有造成任何非戰鬥減員。
仁木氏原本分為丹波仁木家、伊賀仁木家、伊勢仁木家三家。與長期在國的伊賀仁木家不同的是，丹波仁木家、伊勢仁木家兩家則是長期在京侍奉室町殿左右，協助處理政務。
自從明德之亂，京兆細川家獲得原山名家治下的丹波一國，就開始了長達一百五十年的統治。但丹波仁木家作為足利將軍家的近臣，依舊領有南船井郡曾我部鄉一帶作為所領，並繼續作為室町殿的近臣長期在京。
到了應仁之亂時期，仁木家並非上下一心，而是分道揚鑣——時任伊賀仁木家家督仁木中務少輔、丹波仁木家家督仁木成長選擇加入東軍，時任伊勢仁木家家督仁木教將則是選擇加入西軍，同族之間就此刀兵相見、自相殘殺。
隨著六角家勢力逐漸向北伊勢諸郡滲透，伊勢國司北畠家也不斷向北進行擴大勢力，使得伊勢仁木家在仁木氏各庶子家中率先斷絕家名。
而丹波仁木家因先前支援三好家旗下的丹波守護代內藤家，導致所領曾我部鄉以及居城善願寺城（曾我谷城）皆被上杉家沒收。
仁木周防守倒是沒有因自己僥倖留有一命而感到知足，反而是煽動向尾張守（丹波仁木家庶子家向家家督）、森筑後守、田中河內守等已經歸農的丹波仁木家舊臣們發起一揆，意圖奪回舊領。
作為丹波守護代的宇佐美定勝可不是獨自一人空降至丹波境內，還帶著左虎捷備兩千常備軍勢進駐。
加上鹽見利勝、桐村元經、夜久重綱等天田郡諸將及時發兵策應，使得仁木周防守策劃的曾我部一揆僅僅持續了不足五天就在兩面夾擊之下被彈壓。
別看鹽見利勝、桐村元經、夜久重綱等天田郡諸將之前無法與三好家進行長期對抗，但討伐一個不得人心，且失去領地的丹波仁木軍還是綽綽有餘的。
仁木周防守見自知實力不濟，孤立無援，被迫率殘部於天田郡、冰上郡兩郡境內流竄，在太田垣家、別所家與上杉家反目後，他便迅速與太田垣家、別所家兩家進行聯絡，意圖透過太田垣家、別所家兩家的支援，先將天田郡、冰上郡兩郡壓制，而後再伺機奪回位於船井郡境內的舊領曾我部鄉。
若不是領有冰上郡蘆田莊（葦田莊）地頭蘆田光信（葦田光信、井上光信）曾與所領接壤的足立家、赤井家、荻野家屢屢因所領糾紛而刀兵相見，爆發戰事，連其父蘆田光遠（葦田光遠、井上光遠）還在香良之戰中被赤井·荻野聯軍擊敗後傷重不治而亡。
為報殺父之仇以及擊敗不聽號令的庶子家，蘆田光信不得不尋找外援。而失魂落魄的仁木周防守就這樣被蘆田光信看中。否則，仁木周防守幾乎在丹波一國之中沒有任何立足之地。
可赤井家早在永正十七年（1520年）赤井兵衛大夫（赤井忠家，赤井時家之父）就出任位于丹波冰上郡栗作鄉禁里料所的代官，赤井時家的長男赤井家清迎娶了波多野元秀之女波多野御料人為正室，次男荻野直正還迎娶了近衛稙家之女近衛溪為正室。加上上杉家少主上杉氏定還是現任從一位太政大臣近衛前久的猶子，使得赤井家與上杉家之間的關係也親近了不少。
蘆田家則是不滿赤井家、荻野家等庶子家脫離總領家的掌控而自立，最終選擇與三好家旗下的丹波守護代內藤家親近。
故而，在丹波一國靜謐後，被上杉清定任命為丹波守護代的宇佐美定勝就裁定蘆田家盡數返還先前侵占的足立家、赤井家、荻野家的村落、町鎮。
正因如此，蘆田光遠對上杉家的裁定感到極度不滿，但又無力與之抗衡，便暗中庇護仁木周防守一行，並贊助其糧草輜重，用於招兵買馬。
正所謂天有不測風雲，人有旦夕禍福。
還沒等仁木周防守正式開展對天田郡、冰上郡兩郡壓制的行動，別所家在面對上杉家凌厲攻勢下，丟城失地、損兵折將的訊息就傳入了丹波境內。
不僅如此，就連太田垣朝延派去為別所家輸送糧草輜重的別動隊五百餘軍勢幾乎被上杉軍全殲，作為別動隊軍奉行的太田垣左京亮更是僅以身免的逃入冰上郡境內。
原本，仁木周防守準備趁著宇佐美定勝從丹波率軍南下播磨之際，於鄰近但馬朝來郡、丹波冰上郡兩郡境目地帶的末居城舉兵。
等太田垣左京亮僅以身免的一人一騎逃入冰上郡境內後，好不容易招降納叛，糾集了五百餘軍勢的仁木周防守頓時傻眼了。
如此一來，仁木周防守攻略天田郡、冰上郡兩郡，以及收復舊領的計劃隨之破滅。
身在小室城（蘆田城、東蘆田城）的蘆田光信在獲知別所家覆滅在即，以及太田垣家派往播磨的別動隊被全殲後，毫不猶豫的命其叔蘆田家治率五百餘軍勢突襲末居城，意圖趁著宿敵足立家動手之前，將仁木周防守所部剿滅，向上杉家表明蘆田家的態度，可謂是求生欲滿滿。
畢竟，仁木周防守麾下之兵本就是一群烏合之眾，良莠不齊，無基可依，如同喪家之犬一般，全靠太田垣家、蘆田家兩家暗中支援錢糧來維持士氣。
現如今，上杉家再度靜謐播磨一國在即，就算是瞎子都能察覺到形勢對反上杉家一方愈發不利了。
當向尾張守告知仁木周防守，蘆田家派兵前來宮山城後，仁木周防守還以為是蘆田光信派兵前來支援自己繼續對冰上郡發起攻略，頓時信心恢復，連忙帶著向尾張守、森筑後守、田中河內守等一眾家臣前去宮山城大手門迎接。
可沒曾想，蘆田家治在下馬見到毫無防備，且滿臉笑容前來的仁木周防守並沒有與其寒暄一番，反而是直接抽出腰間的太刀，將其一刀斬殺。
而後，蘆田家治身後的蘆田軍武士們紛紛衝上前去，對著曾經的友軍舉起了屠刀。
猝不及防之下，向尾張守、森筑後守、田中河內守等丹波仁木家重臣們緊隨主君仁木周防守之後被蘆田軍當場討取。
本就士氣、戰意低下的丹波仁木軍在遭到友軍背刺突襲後，根本沒有還手之力，被蘆田軍討取三百餘人，僅有五十餘人逃入朝來郡境內去投奔太田垣家，其餘皆在逃亡途中遭到落武者狩。
面對蘆田家的那些小動作，宇佐美定勝也不戳穿，只是致信對其攻滅丹波仁木家餘孽之事進行表彰，以此來穩住蘆田家，避免蘆田家繼續與太田垣家暗中進行勾結。
至此，丹波一國徹底恢復恢復靜謐。而曾經作為仁木總領家有力競爭者的丹波仁木家，也最終落得個家名斷絕並絕嗣的悲慘結局。