正所謂雙拳難敵四手，惡虎還怕群狼。
即便主動出擊的仁木軍再悍不畏死、驍勇善戰，終究是兵力單薄、裝備簡陋，在面對四面八方圍攻而來的上杉軍後，漸漸不敵。
隨著百地三太夫被討取後，八條定繁立即命人將其首級高高掛起，以震懾井堰山城內外的仁木軍。
仁木軍在見到百地三太夫的首級後，便徹底失去了戰意，頓時群龍無首，成了軟腳蝦一般，被上杉軍一舉擊潰。
即便澤村重久、平野善八郎、森脇甚助、出後正高、井上新左衛門等仁木軍諸將仍然在負隅頑抗，但很快就被上杉軍淹沒，先後被討取。
上杉軍也在擊潰了主動出擊的仁木軍後，兵臨井堰山城城下。
才恢復自由沒多久的仁木義視，在獲知百地三太夫兵敗身亡的訊息後，並沒有因此而感到高興，反而是神情悲戚，久久不語。之後還對著身旁的家喜下總守、下山平兵衛（下山甲斐守之子）、淺井彌次郎（原六角家家臣）、三輪善之助等人絕望嘆道：大事已去，非人力可為！
對於仁木義視來說，百地三太夫雖然是將自己架空，但至少還願意將仁木家尊為主家，並以仁木家家宰的名義向伊賀境內的國人領主們進行發號施令，還從旁牽制以伊賀十二人眾為首的有力國人領主們，以及以河端義政為首的親六角家勢力，從而起到制衡的效果。
要知道，當你的家族大運旺時，不論做什麼事情都是有理的，萬物皆讓道。
可天下向來是打下來的比較穩。
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因為戰爭是最殘酷的考卷，你的聰明，機敏，判斷，威望，運氣所有的因素都是這張考卷的考察試題。
這章考卷答完，往往是天下面目全非。
在滿目瘡痍中，你作為最終一步步活下來的那個綜合生命體，生命力最旺盛強大。
屆時，所有的功臣宿將都是跟你刀口舔血過來的，所有的文臣謀士都是軍帳後方殫精竭慮篩出來的。他們與你一榮俱榮，一損俱損。最關鍵的是，你有著一言九鼎的威望。
而百地三太夫也不是什麼善男信女。
之所以百地三太夫會選擇挾仁木義視這個伊賀守護來令伊賀諸將，是因為他自身的實力還無法達到稱霸整個伊賀，更無法取代仁木家在伊賀一國的影響力。
故而，百地三太夫才不得不放棄以一代人完成下克上的念頭。
但是，搶來的家業永遠沒有掙下來的踏實。和平篡權的，往往很少見能傳久遠的。
因為，你不僅要接過前朝的所有弊病，你還要消滅前朝的民心所向，你還要收買為你搖旗吶喊的新團體。
打下來的天下，是白茫茫大地真乾淨，一切都是百廢待興的狀態。反觀篡奪過來的天下，是亂鬨鬨的，是你方唱罷我登場，各個方面的隱患太多了。
辛苦來，辛苦去，為誰辛苦為誰忙。任何的小聰明，都上不了大台面的！
要承擔得起天下大任，就要先苦心志，勞筋骨，餓體膚，空乏其身，行拂亂其所為，這就是在熬一個人的品性，把人性當中的輕挑因子壓榨出去，讓持重的品質得到凝鍊。如此，你成功的機率會更大，尤其是成功後，依然可以走的更穩，更遠。
也不等井堰山城上下商議好應對之策，大手門門番沼田彥七郎可不願為即將覆滅的仁木家陪葬，趕緊與城外的同族沼田祐光進行聯絡，主動將大手門獻出。
現如今，井堰山城之中還有不少失去領地、損兵折將的國人領主，可戰之兵大都隨百地三太夫戰死沙場，根本無力抵禦上杉軍的猛攻。
畢竟，君臣本是同林鳥，大難臨頭各自飛。
眼見井堰山城的守軍願意主動獻出大手門，沼田祐光自然是樂於見到的，隨後就命藤田氏邦為先手役，率先攻入了井堰山城之中。
不過，此時的井堰山城之中依舊有抵抗勢力存在。
作為百地家下忍出身的石川五右衛門（石川文吾），原本是三好家家臣石川明石之子，他與上杉家之間本就有著國讎家恨。
加上石川五右衛門一直暗戀著主君百地三太夫的正室式部，他原本是準備在上杉軍大舉攻入伊賀之際，趁亂將其帶走私奔。
可百地三太夫似乎發現了一些蛛絲馬跡，就命石川五右衛門隨自己一同行動，並沒有讓其在百地城中協防。
這就使得石川五右衛門痛失帶式部私奔的最好機會，他在井堰山城的城頭見到式部的首級後更是悲痛欲絕。
儘管石川五右衛門也隨百地三太夫一同從井堰山城出陣，向上杉軍本陣所在的浜田原發起突擊，但他在獲知百地三太夫被上杉軍討取的訊息後，便失去了戰意，隨著仁木軍潰兵一同退入了井堰山城之中。
而福地伊予守是兩屬國人領主，即同時臣從仁木家、六角家，且多次庇護六角承禎、六角義治父子，使得他深知上杉家在戰後是不會輕易赦免自己，便選擇了在井堰山城之中率本部的殘兵敗將進行負隅頑抗。
同樣，野村大炊助是與上杉家有著殺父之仇，而淺井彌次郎原本是六角家家臣，被六角承禎派來擔任與仁木家的取次，因上杉家的嚴密封鎖才滯留於井堰山城。
可家喜下總守、下山平兵衛、三輪善之助、福持九郎、諸木與助、富增伊予介等人要麼是領教過上杉軍的厲害，要麼是已經絕望，要麼是對仁木家以及伊賀十二人眾的冷酷與自私，以及對對金錢無盡的欲望而失望透頂，不願繼續與上杉家進行抗爭。
最後，家喜下總守就以仁木義視之命號召城中之人放下武器向上杉軍投降。
如此一來，本就兵力、裝備等各個方面不占優勢的仁木軍進行的零星抵抗也被迅速撲滅，福地伊予守、野村大炊助、淺井彌次郎等人也先後被上杉軍討取，井堰山城的三之丸、二之丸隨之被上杉軍壓制，就連本丸也無血獻出。
八條定繁考慮到仁木義視終究是伊賀名義上的守護，且還是仁木梅之父。雖說仁木梅尚未被自己的主君上杉清定納為側室，可她早就有側室之實了。
加上仁木義視先前還被正親町天皇指認為朝敵，八條定繁自然不能擅自進行處置，便命人將其押往上杉家的本據小田原城，交由主君上杉清定來親自處置。
至此，自從貞和二年（南朝興國七年，1346年）起領有伊賀一國長達二百一十五年的仁木家所領盡失。而以伊賀十二人眾為首的伊賀國人領主們也沒能持續在伊賀境內的高度自治，總國一揆僅僅持續了不到三十年的時間就宣告結束。