與山田八右衛門、家城右近將監等識時務之人成鮮明對比的是，一之宮城城主森田伊豆守。
森田伊豆守是原伊賀十二人眾之一的森田淨雲長男，他與弟弟森田帶刀就選擇固守一之宮城負隅頑抗。
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要知道，森田淨雲先前就是隨仁木義視一同出兵北上近江，於長光寺城之戰中被上杉軍討取的。
可以說，森田伊豆守與上杉家之間，是有著殺父之仇的。
但森田伊豆守、森田帶刀兄弟二人的堅守並不能改變什麼，更不可能扭轉整個近畿地區的局勢。
眼見一之宮城仍然在籠城固守，才接管仁木館不久的八條定繁就以穴澤氏清部為先陣，並安排扎比•布萊克索恩率重型佛郎機炮隊隨同穴澤氏清部一同攻向一之宮城。
在上杉軍兵臨一之宮城城下前，山田八右衛門、家城右近將監等人並不希望敢國神社遭到戰火的波及，便派遣使者前去勸說，希望森田伊豆守、森田帶刀兄弟二人能夠看清形勢，不要繼續負隅頑抗。
可是，森田伊豆守、森田帶刀兄弟卻並沒有接受山田八右衛門、家城右近將監等人的好意，反而毀書斬使，以示心意。
見森田伊豆守、森田帶刀兄弟如此冥頑不靈，山田八右衛門、家城右近將監等人只好請求負責攻略伊賀一國的上杉家同族重臣八條定繁頒下禁制，確保敢國神社不被兵燹波及。
畢竟，這世上是沒有後悔藥賣的，森田伊豆守、森田帶刀兄弟很快就要為他們的決斷付出應有的代價。
原本，森田伊豆守、森田帶刀兄弟還指望著六角承禎、百地三太夫及時發兵馳援，屆時，他們再率守軍裡應外合，夾擊上杉軍。
可是，迫近一之宮城的上杉軍並沒有立即發起蟻附攻城，反而是先開始炮火覆蓋。
剎那間，重型佛郎機炮的炮彈發出致命的尖嘯，將不少一之宮城的木質板屏城牆砸成碎屑，城中的箭櫓、長屋紛紛在重型佛郎機炮的炮擊下被炸毀。就連森田帶刀也在上杉軍的猛烈炮擊中殞命。
森田伊豆守站在一之宮城本丸冠木門旁，看著死無全屍的弟弟，心裡是五味雜陳，也沒有心思去關注如何抵禦即將到來的上杉軍猛攻。
也不等一之宮城的守軍做出任何應對之策，穴澤氏清在三輪炮擊認為城中守軍應喪失了反抗發能力，這才一聲令下，上杉軍開始對一之宮城架起雲梯、扔出鉤索進行攻城。
由於一之宮城的城兵和協防領民本就處於長期缺鹽的狀態，再加上遭到上杉軍的猛烈炮擊後，徹底喪失了戰意，紛紛向攻入城中的上杉軍投降。這就上杉軍幾乎不費吹灰之力就攻入了一之宮城的本丸之中。
就在上杉軍攻破一之宮城本丸的冠木門之際，作為城主的森田伊豆守為了不被上杉軍俘虜受辱，就在自己的寢殿裡自刎而亡。
與此同時，植田城也迎來最期。
植田城城主植田豐前守（植田光次之子）與森田伊豆守、森田帶刀兄弟一樣，與上杉家之間也有著殺父之仇。
雖說植田家前任家督植田光次是位列伊賀十二人眾之一，但並不代表植田家有雄厚的實力。
若說破襲、暗殺、偵查、偽裝等方面，植田家上下是非常擅長，但在守城這方面，植田家可沒有太多的經驗。
因缺鹽導致的疲乏無力，導致植田城上下根本無法做到主動襲擾上杉軍，只能被動龜縮在城中進行籠城固守。
而坐鎮井堰山城的百地三太夫也深知唇亡齒寒的道理，一旦植田城陷落，那麼百地城、井堰山城兩城將徹底顯現在上杉軍的兵鋒之下。
故而，百地三太夫就命庶長子百地百太郎率兩百餘軍勢前去襲擾上杉軍，以減輕植田城的壓力。
然而，沼田祐光早就料到仁木家高層是不會坐視近在咫尺的植田城陷落的，就命安保直親、長野左京亮兩部一千五百餘軍勢在馬野川東岸的密林之中設伏。
正當百地百太郎率軍強渡馬野川之際，埋伏於密林之中的上杉軍就用鐵炮、弓矢，向著河中的仁木軍進行集火攻擊。
霎那之間，猝不及防的仁木軍過半之人不是被鐵炮打成篩子，就是被弓矢射成刺蝟。
還未進行渡海的百地百太郎在驚懼之餘很快就恢復了鎮定，他當即意識到上杉軍是對植田城是圍點打援，自知無法完成任務後，為了避免全軍覆沒，就丟下一百餘具屍體，倉皇撤回了井堰山城。
不過，百地百太郎所遺留下來的屍體反而給了上杉軍一個打擊植田城守軍士氣和戰意的機會。
沼田祐光為了能夠更加順利的攻落植田城，就命人將擊斃的仁木軍首級斬下，並運至植田城外示眾。
等植田豐前守拄著長槍緩緩來到植田城二之丸的板屏邊，看到了城下擺放著的一顆顆首級後，絕望的癱坐在地上，他知曉自己已經陷入孤立無援的窘境了，己方的援軍也無法突破上杉軍的封鎖。
最後，植田豐前守就以切腹自盡為代價，請求沼田祐光赦免城兵與協防領民。
面對植田豐前守的請求，沼田祐光在經過一番權衡後還是同意了。
就這樣，植田豐前守於植田城外切腹自盡，同時植田城也一矢不發的向上杉軍開城投降了。
隨著一之宮城、植田城、長岡城等重鎮要地接連陷落，百地三太夫這才意識到自己是等不到六角家的援軍了，但他還是擔心一旦自己放棄了自家居城百地城和仁木家新本據井堰山城會導致整個伊賀一國的抵抗會就此分崩離析，就決定和井堰山城生死與共。
同時，百地三太夫還不忘加強自家居城百地城的守備。
之所以百地三太夫會選擇與上杉家抗爭到底，是因為他本就不願屈居藤林家之下，以及不願放棄包含不輸不入在內的特權。
可此時的百地城、井堰山城兩城裡里外外已瀰漫著失敗主義情緒。
仁木家一方是丟城失地、損兵折將、資源匱乏、士氣低落，反觀上杉軍卻是連戰連捷、勢如破竹、戰意高昂。
就連德地道榮、百地正高、北彌兵衛等百地家一門親族眾都紛紛勸說百地三太夫應確保百地家的存續為重，不要與上杉家繼續抗爭下去。