就在海瑞抵達曲阜的第三日，孔府便派了人來。
來人是孔府的管勾官，姓莊，五十多歲，圓臉細眼，說話滴水不漏。
管勾官掌祀田錢穀之出入，是孔府田產管理的核心人物，手底下的莊頭、屯長遍布五省二市。
「海大人遠來辛苦，衍聖公特命屬下前來問安。」莊管勾拱手，笑容滿面。
海瑞淡淡地應了一聲。
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莊管勾又道：「海大人，曲阜不比別處。衍聖公是至聖先師之後，歷代皇帝都賜有免糧祭田。
這清丈之事，朝廷向來不過問曲阜的，大人若是破了這個例，只怕……不好交代。」
「不好交代？」
海瑞抬眼看了莊管勾一眼：「本官奉總攝之命清丈天下，曲阜也是天下的一部分，有什麼不能量的？」
莊管勾臉上的笑容僵了僵，隨即又笑起來：「海大人言重了。衍聖公的意思是，曲阜的田產，自有孔府的田冊，數目清清楚楚。大人只需按照孔府的田冊上報即可，不必勞師動眾。」
「不必勞師動眾？」海瑞冷笑一聲：「那你告訴我，孔府在曲阜的田產，到底有多少？」
莊管勾張口就來：「祭田三千六百頃，學田若干，私田若干，共約四五千頃。」
海瑞從案頭取出一沓發黃的紙頁：「這是洪武年間朝廷欽賜的祭田數目：二千大頃，折合二十萬畝。到嘉靖年間，孔府續買民田的數量每年還在增加，你們卻將新增之田報作『續買民田』，只征七分稅，免三分，如此積少成多，如今孔府名下的田產已經不止這個數了吧？
本官讓人查閱了曲阜縣的舊檔，孔府在曲阜縣境內登記在冊的田產只有八百頃，可本官派人在城外粗略看了一圈，光是城東的莊田，恐怕就不止這個數。」
莊管勾的笑容終於掛不住了。
海瑞抵達曲阜的第五日，清丈隊開始出城核查地塊。
第一天就出事了。
清丈隊在東郊一處名叫「官莊」的地方丈量田塊時，被十幾個孔府佃戶團團圍住。
這些人顯然是受人指使的，嘴上喊著「朝廷要搶地了」，手裡執著鋤頭、扁擔，情緒激動。場面一度非常緊張，清丈隊長不得不派人回城求援。
海瑞聞訊，親自帶人趕到現場。
「誰是領頭的？」海瑞站在高處喝問。
人群中一個中年漢子站了出來，他穿著短褐，褲腿卷到膝蓋，小腿上沾滿泥巴。
他叫孟三，是孔府在東郊的屯頭。
「是我。」孟三毫不示弱。
海瑞打量他幾眼：「你是孔府的佃戶？」
「是！我爺爺就是孔府的佃戶，我爹也是，我也是。我們世代種孔府的地，孔府對我家有恩。」
孟三說得理直氣壯：「大人，你們清丈就清丈，憑什麼把我們的地也量進去？這是我們祖祖輩輩種的田！」
「你們的田？」
海瑞冷笑：「這是孔府的田。你們只是佃戶，不是地主。何況這塊田，連孔府都沒有登記在冊，你們說這是你們的田，憑什麼？」
孟三一時語塞，漲紅了臉。
這時，人群中一個白鬍子老漢擠到前面，他拄著拐杖，顫巍巍地說：「大人，老朽在官莊種了六十年地，這塊地向來是我們佃戶輪種的。孔府不收租，縣裡不收稅，我們就靠著它餬口。
你們這一量，這塊地要是被收走了，我們這些老骨頭吃什麼？」
海瑞的語氣緩和下來：「老人家，清丈不會收走你的地。只要這塊地確實是你們在種，登記之後，孔府仍由你們耕種，只是孔府要按實數納稅。你們種地的，該交的租還是要交，但不會再被多收。」
老漢將信將疑。
孟三又開口了：「大人，你們說得好聽。等你們走了，孔府還不得找我們算帳？你們得罪了孔家，我們卻要在這裡過一輩子……」
海瑞盯著他，一字一句地說：「孔府找你們算帳，你們來找本官，本官給你們做主。」
孟三愣住了。
他沒想到，這個瘦巴巴的黑臉官員，說出的話竟然這麼硬氣。
人群漸漸散去，海瑞下令繼續清丈。
當天晚上，海瑞在行轅里翻閱這一日的清丈記錄。
僅僅東郊一塊，在孔府田冊上登記的只有三百畝，實際丈量出來是九百畝，隱田率高達百分之六十七。
年二月，朝中不少大臣開始上疏彈劾海瑞。
領頭的是都察院的一名御史，名喚孫世揚，祖籍山東青州府。
他的彈劾奏章寫得慷慨激昂，臚列海瑞三大罪狀「變亂祖制，騷擾聖賢之後貪功倨傲，不敬先師神靈苛虐百姓，致使曲阜民怨沸騰」。
閻赴將這些奏章留中不發，但海瑞能夠感覺到，京城裡反對清丈的勢力正在重新集結起來。
山東幾位在朝中做官的，紛紛給曲阜知縣趙文翰寫信，讓他設法阻止海瑞。
趙文翰接信之後坐立不安，幾次三番來找海瑞，話里話外無非是：「海大人，衍聖公府的事，能不能緩一緩？先清丈別的地方，等朝廷有了明確的旨意再說。」
海瑞沒有退讓：「趙知縣，總攝的旨意就是明確的旨意。山東清丈，曲阜是重點。曲阜不清丈，山東清丈就不算完成。」
趙文翰愁眉苦臉：「海大人，您體諒體諒下官的難處。曲阜這個地方，縣官不好當啊。縣裡的差役，有一半是孔府的佃戶充任，根本指揮不動縣裡的賦稅，孔府名下的田產一文錢都收不上來，全靠窮苦百姓分攤，您若是把孔府得罪了，下官以後的日子怎麼過？」
海瑞站起身，走到趙文翰面前，一字一句地說：「趙知縣，本官在曲阜最多待三四個月，清丈完了就走。你卻要在這裡當一輩子知縣。你的難處，本官體諒。
但體諒歸體諒，清丈不能停。你若為難，可以把責任都推到本官身上。就說海瑞逼你乾的，與他們無關。」
趙文翰長嘆一聲，再也沒有阻攔過海瑞。
然而，他所言非虛。曲阜的實際情況比海瑞想像中更為棘手孔府的佃戶分為幾種，一種是明初所賜的欽撥戶，隸籍孔府，世代耕種祭田另一種是寄莊戶，自行開墾荒地，成為孔府的佃戶。
這些人對外姓官員滿肚子戒備，對內只認孔府，不認朝廷，更不要說一個小小的知縣了。
海瑞派去下鄉的小吏，離開了縣城就寸步難行，連問路都沒有人肯搭理。有些膽大的佃戶，甚至揚言：「海瑞要是敢動孔府的地，我們就去孔廟跪哭，看他有沒有臉面對孔聖人！」