明智光秀受命於十七日離開安土城，回到自己屬地坂本城準備領軍出征。五月二十六日，一萬三千名明智軍進入丹波龜山城（京都府龜岡市）。次日，光秀帶著十四歲嫡子和少數隨從登上險峻的愛宕山，閉居愛宕神社祈求戰勝。二十八日，光秀邀請九名當代一流歌人在愛宕山寺院舉行連歌會。
【寫到這裡我希望讀者記一下我們域名 看書就來天天看小說，🆃🆃🅺.🆃🆆超方便 】
當然，這樣大規模的決戰，織田信長本人是不可能不出場，親自蒞臨前線指揮的。五月二十九日，德川家康一行前往堺遊覽，織田信忠沒有陪同前往，因為他聽說父親信長將在數日內上洛，因此決定留在京都等候。二十九日，信長從安土出發前往京都，隨同的不過「小姓眾百五六十騎」，他將在覲見天皇后，即親自領兵前往仲國（日本一個藩國）地區。
信長一行在雨中緩緩進發，朝廷的公卿們在山科栗田口恭候他的到來。信長的小姓（年輕侍從）森蘭丸首先馳馬來到山科，告知公卿們不必遠迎。下午四時許，信長進入京都，下榻於四條坊門的本能寺，而信忠則住在相隔不遠的妙覺寺中。次日，信長在本能寺舉行茶會，展示了三十八種名器茶具。嫡子信忠傍晚也前來參加酒宴，夜深後才返回妙覺寺。信長打算在京都逗留至六月三日，四日出征。
六月一日，信長援軍35000人出戰，其中包括明智光秀軍。而此時織田信長還在京都本能寺，正和棋道國手日海和尚（即本因坊算砂）和鹿鹽利玄對弈為戲。據說此局下出了罕見的三劫連環無勝負局，包括信長在內，觀者皆驚。
當日晚間，信長召來長男信忠歡宴，宴後信忠返回妙覺寺就寢。而此時，因為接待德川家康不周而受到信長當面訓斥的明智光秀收到了豐臣秀吉的一封信。
「光秀君，你我皆為大人（指信長）麾下干臣。光秀君之能尤在秀吉之上。大人對君信賴有加，令秀吉十分羨慕。光秀君戰功卓著，才智過人。大人能君臨天下光秀君當居首功。近聞，大人命君主持款待德川大人，本來光秀君做得很好，只是因為秀吉未料到毛利家大軍傾巢來襲，所以不得已向大人求援。大人命光秀君前來支援秀吉，秀吉感激不盡，驚喜莫名。只是因為秀吉導致光秀君在眾人面前受到大人訓斥，這都是秀吉的過錯。還請光秀君不要怨恨大人，待打敗毛利家之後，秀吉當面向光秀君謝罪。不過，秀吉覺得，大人出現很豪門世家，本就看不上我等微末之人。即便我等功勞再大，也不過是大人的奴僕，大人的訓斥不論對錯我等都應該附耳恭聽。秀吉沒什麼，只可惜光秀君如此出色，卻也是這個境地。大明聖人有言：王侯將相寧有種乎？光秀君若有想法，秀吉必定竭力支持。」
本來就極好面子又自居功勞卓著的明智光秀，因為一件不來不是他的過錯的小事，而受到織田信長的訓斥，還是當著德川家康的面。這讓一向心高氣傲的明智光秀很是惱怒，如今秀吉這封信明著是勸導實際上是挑撥。早已有不臣之心的明智光秀心中那團烈火瞬間被點燃，明智光秀燒掉秀吉的信，他從心裡相信豐臣秀吉這個和他一樣出身貧賤的人的話。而且秀吉和光秀兩人的私交堪稱莫逆，屢次大戰中哥倆都是相互支援，穩操勝券，被稱作是織田信長的左膀右臂。
如今光秀受辱，秀吉的這番話引起了光秀的共鳴，也明白了秀吉的意思。
明智光秀：「王侯將相寧有種乎，這句話說的太對了。秀吉最了解我，最懂得我的心思。大人一同日本，未必不想取天皇而代之，我又為何不能取而代之呢？哼！」
明智光秀回到居城和手下重臣齋藤內藏介利三、明智左馬介光春等商議，認為自己取代信長的時機已經成熟。
當夜，明智軍13000餘人出動。第一隊由大將明智左馬介光春率領，計有四天王但馬、村上和泉、三宅式部、妻木主等3700人；第二隊由大將明智治左衛門率領，計有藤田伝五郎、並河掃部介、伊勢與三郎、松田太郎左衛門約4000人；本隊總大將明智光秀、明智十郎左衛門、荒木山城守、荒木友之丞、諏訪飛騨守、齋藤內藏介、奧田宮內、御牧三左衛門等3200餘人。於六月一日半夜到達京都。
按照明智光秀的計劃由明智左馬介光春攻織田信長住宿的本能寺，明智治左衛門攻二條城和織田信忠泊住宿的妙覺寺，明智光秀坐鎮三條堀河。
在不知不覺的情況下，本能寺被重重包圍，明智光秀布置了三重包圍圈。第一重四天王但馬，第二重村上和泉，第三重三宅式部。除此之外，本能寺周圍所有的出口都有二三百人負責把守。
六月一日子時，明智軍完成了對本能寺的包圍。這麼大的軍事行動，不可能不被人察覺。聽到四周的動靜後，信長所帶來的小姓們開始騷亂。如此一來驚動了織田信長，信長最初還以為是侍衛們吵架，剛才爬起身準備斥責，就在這時傳來鐵炮（老式火銃）發射的聲音。
久經戰陣的織田信長立即就判斷出這是針對自己的，他招手叫過來一個叫森蘭丸的小姓（年輕侍從）命令道：「這一定是有人反叛我，你去看看是誰。」
森蘭丸領命而去，他爬到本能寺的院牆上往外一看，之間到處都是黑壓壓的部隊。森蘭丸看清楚對方旗號之後，跳下院牆跑到信長身邊稟報：「大人，是桔梗旗印，像是惟任日向守的部隊！」
信長大驚：「明智光秀！他怎麼會背叛我？哼，定是因為被我訓斥幾句懷恨在心，這個陰險小人，他是不會成功的。叫上我們的人拼死抵抗，只要不讓他們攻進來，信忠的部隊就會來救我們。」
「嗨衣！」
森蘭丸說的「惟任日向守」，正是信長麾下大將明智光秀，他當時官位為正六位下日向守，因曾通過信長向朝廷求得「惟任」的古老姓氏，因此習慣被稱為「惟任日向守」。
知道明智光秀謀反後，織田信長親自上陣率領小姓們拼死抵抗，但是他太自負也太大意了，這次來京都信長只帶了百十個人，和明智光秀的萬餘大軍相比，簡直連個泡都打不起來。
明智軍沒用多長時間就攻入本能寺，織田信長只能在殘存的小姓保護下且戰且退，最後退入大殿之內。