作為本願寺分院的願證寺，很快就成為一向宗徒在東海道地區的重要據點。
這個長島之地原屬伊勢國人領主伊藤氏所管轄，其統治中心是在願證寺南方不遠處的長島城。
長島地方河流溝渠縱橫，水中浮現多個小島，這些小島被稱為「輪中」，而長島城與願證寺就位於同一個「輪中」上。
一山難容二虎，因為願證寺勢力並非甘心和平的傳教，他們與伊藤氏不斷爭奪對附近百姓的控制權，就此引發了長年的爭鬥。
繼蓮淳之後，實惠，證惠，證意等人先後成為願證寺的住持，經過這四代七十多年的不懈努力附近大大小小的國人領主全都自願或被迫的成為了一向宗的信徒，長島地區變成了一個宗教獨立王國。
織田信長對這個近在臥榻之側的勢力一直保持著高度警惕，不過願證寺並非無根之草，在他背後還有石山本願寺，還有龐大並且繁多的各地一向宗信徒團體，所以他雖然統一尾張，吞併伊勢，卻還並不敢向長島下手。
領兵上洛的時候，信長派弟弟織田信興擔任尾張國小木江城城主，以監視長島一向宗教徒的動靜。
織田彥七郎信興，乃是織田信秀的第七個兒子，他所受封的小木江城在尾張國西部，靠近伊勢邊境，登高即可望見長島，元龜元年九月，因為織田信長與石山本願寺開戰，顯如上人就號召全國的一向宗教徒聯合起來，討伐佛敵織田信長，如有敢不遵從的，一律破門開革。
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收到法旨的願證寺不敢怠慢，立刻行動起來。於是當年十一月，長島一向一揆蜂起，東進圍攻小木江城。
此時信長還在比叡山與淺井，朝倉聯軍對峙，無力派發援軍，城池遂被攻破，織田信興登上本丸天守閣，可憐兮兮的切腹而死了。
此次一揆與以往不同，因為石山本願寺雖號為一向宗的總本山，歷任法主卻靠攏封建大名，一般情況下並不支持信徒的暴動，然而「石山合戰」開始之後，顯如上人公開號召全日本的信徒起來抗擊信長「暴政。」為保衛寺廟而戰，長島就在織田氏的根據地尾張側腹。
長島一揆在畿內的本願寺總本山更使織田信長驚慌恐懼。
於是他立刻囤積糧草，整備兵馬，準備發動大規模的討伐戰。
然而長島地區河流縱橫，到處都是小島，光靠陸軍是很難展開全面進攻的。
想要消滅長島的一向一揆勢力，就必須調集大量戰船，並且組織一支機動靈活的水面部隊。
基於這一原因，信長雖然很為兄弟信興的死亡感到悲痛，並且憤怒萬分，他卻不敢感情用事，準備了整整半年，才在次年也即元龜二年的五月兵髮長島。
元龜元年，十二月。
近江，佐和山城。
佐和山城已經被織田軍死死的包圍了起來，佐和山城的城主是近江國中有數的猛將磯野丹後守員昌。
天守閣中，磯野員昌愁容滿面的坐在裡面，不時的發出一兩聲嘆息。隨著城內的糧食的大大減少，守城士卒的士氣也在一天天低落下去，磯野員昌正為這個發愁呢！
「主公，木下秀吉公的使者求見！」一個守在門口的武士大聲說道。
「又來了嗎？」磯野員昌暗自腹誹一句，「讓他進來吧！」磯野員昌說道。
「嘿！」緊接著，一個身形矮矮的中年人走了進來。
「丹後守大人，咱們又見面了！」那個中年人一進來就笑呵呵的對磯野員昌說道。
磯野員昌冷哼一聲，說道「我可不想見到你，你又是來說降的吧！我再說一次，我是不會投降的！」
那個中年人依然笑著說道「丹後守大人，我就知道你是這句話，但是你不為自己考慮，也要為這城中的士卒們考慮一下吧！我織田家對於佐和山城是勢在必得，信長公現在如日中天，正是你投營報效的好時候啊！」
磯野員昌眉頭緊皺，過了良久，他說道「你先走吧，我再考慮考慮。」
中年人使者知道磯野員昌已經有些心動了，心知這樣的事急不來，因此也不過多糾纏，告罪一聲，隨即退下。
入夜，美麗的月亮也露了出來。
磯野員昌躺在榻榻米上，雖然已經半夜，但是他依然沒有睡著。
「唉」他不時的發出嘆息，顯然還在因為白天的事而著急。
這個時候，就在他的頭頂的正上方，一個黑影忽然落了下來。
磯野員昌猛然起身，抽出佩刀，指著黑影低聲喝道「來者何人？」
黑影露出一個神鬼莫測的笑容，你緩緩的走到磯野員昌旁邊，低聲說道「丹後守大人，不必舞刀弄槍的，在下不會傷害你的。再說了，就算我想有什么小動作，以你的實力，對付我還不是分分鐘的事。」
磯野員昌聞聽此話，放下佩刀，但是全身依然處於戒備狀態。
「你是織田家的人嗎？」磯野員昌問道。
「不，在下是竹中家軍情處成員藤林保武是也。」黑影說道。
「竹中家？」磯野員昌疑惑的看著藤林保武。
「沒錯，我是代表竹中家家主竹中久作大人前來，希望你能夠加入我們竹中家的！」藤林保豐誠懇的說道。
「哼，要我加入竹中家？給我一個理由！」磯野員昌冷哼一聲，說道。
藤林保武嘿嘿一笑，說道「丹後守大人，我知道織田家已經多次對你派出了招降的使者，但是織田信長此人喜怒無常，你以降將身份投入織田家，難道會得到重用嗎？還不如加入我竹中家，我竹中家願意以一萬石的知行招攬你。」
「一萬石？」磯野員昌驚愕了一下，雖然他原來是淺井家中第一猛將，但是現在這種情況，是不會有人對一個還在苟延殘喘的將領開出這麼大的價碼的，就算是之前木下秀吉派來的人也沒有這樣的高價。
磯野員昌略一思索，問道「我到了竹中家除了這個，還有什麼好處嗎？」
藤林保武說道「當然，作為一名優秀的武將，主公絕對會對你予以重任的，主公再來之前明確的對我說過，只要你願意加入我竹中家，加賀軍團的副職，就由你擔任！加賀軍團可是我竹中家人數最多的一個軍團啊！」
磯野員昌有些心動了，他看向門外，猶豫著說道「我可不可以帶幾個親信武士去呢？」
藤林保武大喜過望，知道磯野員昌這是已經同意了，連忙說道「當然可以，不過速度得快，最好今晚出發，我竹中家的人已經在城外等候了！」
磯野員昌一咬牙，說道「好，我這就準備。」
過了許久，磯野員昌一行人終於準備完畢，一行人順著後山的一條小路偷偷的逃出了佐和山城。
第二天一早，終於有侍女發現了不對，很快消息傳遍了整個佐和山城。
在群龍無首的情況下，他們推舉出一個武士，正式向城外的木下秀吉和丹羽長秀投降。
佐和山城，終於被織田家拿下，但是確錯失了磯野員昌這樣一員大將，令原本成竹在胸的木下秀吉非常憤怒，他到現在還不知道到底是誰救走了磯野員昌。
淺井家因為去年的協議被迫龜縮於琵琶湖東北一隅，如此大面積的收縮領土，分明再無南下與織田家爭雄之意。
在佐和山城投降之後，信長任命丹羽長秀為佐和山城城代。
聽聞磯野員昌不知所蹤，佐和山城不戰而降，淺井長政十分惱怒，也異常驚慌，他立刻點齊兵馬，於五月六日率軍離開小谷城，再度進入姊川流域，準備攻打木下秀吉守備的橫山城。
木下秀吉先發制人，率領百餘騎潛出橫山城，隨即會合了堀秀村，樋口直房等降將的部隊，總數約五六百，在箕浦地方對戰將近十倍於己的淺井軍。
因為秀吉的奮戰，淺井長政被迫退回小谷城，而織田信長也得以暫時沒有後顧之憂地開始了他的第一次長島征伐戰。
五月十二日，信長親統大軍，浩浩蕩蕩的殺往伊勢長島。
他兵分三路，佐久間信盛，淺井新八，山田三左衛門，長谷川丹波守，和田信介，中島豐後守等出中筋口，柴田勝家，市橋長利，伊賀平左衛門，稻葉一鐵，塚本小大膳，不破光治，丸毛長照等出大田口，三路南下指向願證寺。
信長自己則坐鎮津島，親自指揮。
雖然氣勢洶洶而來，結局卻是悲劇性的。此時長島一向一揆的實力與進攻小木江城之時又有所不同，因為本願寺料到信長不會放過近在咫尺的長島願證寺，遲早會爆發一場慘烈的攻防戰，於是就在年初派了能征慣戰的坊官下間賴且，賴成二人率領更多的一向宗教徒秘密進入長島地區。
此時長島地區一向一揆兵員，武器都很充足，又有了統一的指揮，信長不明敵情，輕率殺來，其結局也就可以料想得到了。
在下間賴且等人的謀劃下，一揆眾先是邊戰邊退，誘使織田軍渡過河川，進入各個輪中，隨即就趁著黑夜掘開堤壩，放水衝擊。
織田軍激戰了一天，正在紮營休息，突然四處巨響連天滾滾濁流洶湧而來，無不驚慌失措，奪路而逃。
此時一揆眾早已三三兩兩的接近了織田軍的陣營，利用地形之便，躲藏在山上，林間，不斷的向敵軍發射鐵炮和弓箭，這樣一來，織田軍陣列更為混亂，成片的屍體倒了下去……
等到天亮的時候，各軍損失報告匯總到信長面前，他終於清醒的認識到，這仗已經不能再打下去了，如果仍舊執著於挺進願證寺，只會在長島這個泥潭中越陷越深，最終恐怕會全軍覆沒。
於是信長無奈的下達了撤退的命令，他的這一著也早就被敵人料到了，一揆眾已經埋伏在了織田軍的退卻途中，鐵炮聲依舊四下響起，箭矢則如同雨點般落在士氣低落的織田軍頭上。
三路大軍損失嚴重，尤其以走大田口一路的殿後部隊最為悽慘，猛將柴田勝家負傷，這樣，第一次長島征伐戰以信玄徹地敗北告終。
長島慘敗之後，織田信長退回岐阜城，檢點敗兵發現雖然沒能見到一向一揆的影子，本方的損失竟然比姊川合戰還要大。
他雖然心有不甘，可也無力在短時間內組織起第二次長島征戰了，只得暫時停止了大規模的軍事行動，重新整備部隊，恢復士氣。
到了當年八月，近江突然傳來新的消息「朽木信濃守殿下願為我方內應，夾攻志村城。」信長聞報大喜，立刻從岐阜出陣，殺奔江南而去。
朽木信濃境守元綱在近江國內可謂鼎鼎大名，無人不知，無人不曉。
他本是琵琶湖西朽木谷地方的國人領主，最初從屬於六角氏，後來淺井長政聯合朝倉軍攻打六角義賢的時候，他就轉而歸附了朝倉氏。
等到信長上洛，書信到處，元綱表示願意擁戴足利義昭將軍，於是名義上又變成了義昭的從屬。
信長金崎撤退的時候，因為淺井軍堵住了琵琶湖東岸，他被迫轉道琵琶湖西岸，打算經過朽木谷回歸京都。可是當天半夜跑近朽木谷城一看，只見城門緊閉，毫無放他通過的跡象——當時近江局勢晦暗不明，朽木元綱是沒道理明確亮出旗號，站到信長一邊去的吧。
況且傳說淺井長政起兵的時候，還暗派使者前往京都二條城去通知了足利義昭，義昭聞言大喜過望「這下子，那個可惡的信長肯定要沒命了！」於是秘密命令附近各從屬於他的國人領主準備襲擊信長的敗軍，朽木元綱應該也接到了這個指令。
正當信長危急萬分的時候，「天下至惡」松永久秀突然冒了出來，請令說「我與信濃守素來交厚，請讓我去說服他打開城門。」無路可走的信長只得應從了久秀所請。
說也奇怪，一向腦有反骨的久秀這次卻並沒有耍什麼花樣。