話說高駢有一員心腹大將名叫畢師鐸，他對高駢說道：「主公名震西南，功高蓋世，雖黃巢未滅，如今已位居淮南節度使，獨攬東南半壁江山。若平賊，則功高震主，位居不賞之地。古人言：狡兔死走狗烹，飛鳥盡良弓藏。主公豈不聞韓信、彭越之事乎？盛極必衰，物極必反。而今之計，當隔岸觀火，靜待天下之變。」
高駢道：「若非將軍良言，駢不敗於黃巢，也獲罪於朝廷矣。」遂按兵不動以觀其變。
高駢手握重兵卻暗中姑息黃巢，使得義軍馳騁千里如入無人之境，沿途百姓紛紛追隨起義，義軍人數達六十萬之眾，但大唐各道兵馬尚未妄動。黃巢問軍師尚讓：「今朝庭所駐兵馬甚多，若群起而攻，當如之奈何？」
尚讓向黃巢獻計道：「大將軍只需發一牒文詔告四方。稱大將軍將率天兵六十萬入東都，順道至京師問罪，與眾無干，不阻者天兵不討。諸鎮兵馬聞言必不敢發兵來戰，則東都唾手可得矣。」黃巢聞言速命軍吏擬文發往各州郡。
數日後，義軍兵臨洛陽，東都留守劉允章聞黃巢大兵將到，而各道兵馬俱守而不戰，洛陽四面無援，惟有獻城或有一生，於是親自恭迎。城門大開，百姓敲鑼打鼓，鞭炮齊鳴。黃巢見洛陽百姓夾道相迎，東都不攻自破，自是喜上眉梢。義軍在洛陽休整兩日後便兵發潼關，又令營州朱溫攻取同州要地，以策應黃巢大軍。
東都洛陽失守，僖宗大驚，急召百官入朝商議。王鐸道：「今賊兵入中原，東都已失。請陛下發關內兵及神策軍鎮守潼關，以保長安之急。」眾臣皆應。
田令孜道：「陛下，今賊兵有六十萬之多，長安已危在旦夕。何不駕幸西蜀，以保無憂。」
吏部侍郎程敬思道：「長安乃大唐之都，朝之命脈，不可輕易讓與賊兵。」
田令孜道：「昔日安祿山舉三鎮之兵揮師南下，直取二都。玄宗率軍入川，方避中原之亂。此事應從祖制，陛下入蜀為宜。」
程敬思嘆道：「朝中諸事皆可從祖制，惟有棄都而逃不可從祖制。」
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僖宗李儼見無有良策，又苦於手下無兵，不禁泣下。長安城內只有一支皇帝親軍，喚做神策軍。
神策軍原為西北的戍邊軍隊，後進入京師成為唐王朝的重要禁軍，負責保衛京師和戍衛宮廷，為唐廷直接控制的主要武裝力量，是唐朝維持統治的最重要的軍事支柱。
唐穆宗以後，神策軍很少外出征戰，軍紀日益敗壞。其普通軍士也非當年善戰的邊兵，多以工商富豪子弟充任，不堪一戰。
僖宗當下挑選神策軍二千八百人，命殿前將軍張承范為大將率軍前往潼關。張承范奉旨點齊神策軍入朝辭行。僖宗親往信門樓送行告慰三軍。張承范對僖宗道：「吾主萬歲，黃巢擁兵號稱六十萬，鋒不可當，潼關只有飢卒萬人。陛下遣臣率軍馳援，臣義不容辭！不過兵力不足，糧餉不繼，恐難取勝。還望陛下早日督促諸道兵馬，指日來援。」
僖宗無言以對，只能敷衍說：「卿輩第行，兵尋至矣。」也就是你先走，我馬上召集人馬支援你。
風蕭蕭兮易水寒，壯士一去兮不復還!張承范根本不相信僖宗的話，但也沒有辦法。張承范如同荊軻拜別燕子丹一樣拜別僖宗，前往潼關靖難。
十二月一日，張承范終於趕到潼關。潼關始建於東漢末年，是中國古代最重要的關隘要地，潼關雄踞三省要衝，南連秦嶺，北有渭水，重巒疊嶂，谷深壁絕，中間一條小道只容一騎通行，三國董卓借潼關笑對十八路諸侯，溫侯呂布一夫當關萬夫莫開。
不過鎮守潼關之人不是呂布，他叫齊克讓，只有一萬兵馬駐紮在此；而張承范帶來的援兵不足三千。那黃巢大軍如盤蛇纏山，馬隊延綿數百里之遠，旌旗漫山遍野一望無際。齊克讓對張承范道：「我等在此已拖延數日，卻不見再有援兵。如今賊眾兵臨城下，我等不可不戰，本督親率兵馬與賊一戰。」遂命張承范守城，自己率副將王師會、李茂、宋真等領一千兵馬城下列陣。
黃巢帳下大將葛從周催馬出陣，唐將宋真揮刀相迎，二人不過一個回合，宋真便被葛從周刺於馬下。又有大將李茂持一對鑌鐵斧而來，葛從周挺槍便刺，又戰兩個回合，只見二馬一挫蹬，葛從周槍交左手，右手拔劍削下李茂人頭。唐軍士卒本無戰心，見連折兩將，更是士氣大落。又有唐將王師會催動跨下紅鬃馬，手揮象鼻古月刀直取葛從周。不過七八回合便被葛從周馬上生擒，抓回營中。齊克讓見三將三敗，陣前大呼一聲道：「蟊賊休狂，齊克讓在此！」只見一條獸角點金槍直殺過來，葛從周挺槍應敵。二人大戰四五個回合，齊克讓並非葛從周對手，已是支撐不住。張承范恐齊克讓再被葛從周刺於馬下，便下令鳴金收兵。
張承范連夜派人向僖宗告急：
「臣離京六日，甲卒未增一人，饋餉未聞以計。到關之日，巨寇已來，以二千餘人拒六十萬眾。臣之失守，鼎鑊甘心。朝廷謀臣，愧顏何寄！聽說陛下已議西巡，若鑾輿一動，則上下土崩。臣敢以猶生之軀奮冒死之語，願陛下與近密及宰臣等熟議，未可輕動，急徵兵以救關防，則高祖、太宗之業猶可扶持，使黃巢繼安祿山之死，微臣勝哥舒翰之亡！」
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張承范拿出所有的輜重，和自己私藏的小灶，全部分發給士兵。接著又勉勵士兵們說：「諸君勉報國，救兵且至。」將士們十分感動，願意和張承范一起奮力死戰。
十二月初二凌晨，黃巢下令猛攻潼關，張承范率軍竭力死戰，戰鬥十分慘烈，一直從寅時打到申時，潼關上的將士們箭矢用盡，最後拿石頭和巢軍大戰。
當日天色將晚，義軍攻城。只見雲梯高架，箭弩齊發。關上唐軍飢餓不堪，潼關失陷，王師會自殺身亡，張承范變裝而逃。當張承范逃到野狐泉的時候，遇到了奉天的二千援軍，張承范對他們說：「你們來晚了！」
援軍聽說潼關已經失陷，不得不撤退到長安，到達渭橋的時候，發現剛剛招募的新兵居然都穿著新衣，援軍大怒道：「你們有什麼功勞能穿這樣好的衣服，我們殊死戰鬥反倒受凍挨餓！」說完便搶了新軍的衣服，穿到自己身上。
盧攜當初提拔高駢，高駢立功後，盧攜在朝中威名赫赫，不料高駢居然避戰不出，致使黃巢輕易渡過淮水。田令孜擔憂唐僖宗責怪自己，便嫁禍於盧攜，盧攜自知難逃一死，便在當天夜裡喝毒酒而死。
潼關失守，滿朝文武束手無策。尚書右丞王鐸向天子奏道：「今長安危矣，陛下可封黃巢為節度使，以示招安；再詔各路勤王之師來京保駕。」
僖宗言道：「愛卿所言極是，草旨封黃巢為天平節度使，旨到之日即赴官任。朕明日駕臨南郊祭天，以求神靈。」
使者持聖旨往黃巢營帳，黃巢毀詔罵道：「巢受百姓之望，殺富濟貧，殺官濟民。朝庭昏庸，小人弄權，賢不能進言，官不能為廉。李唐大限已到，汝回告李儼，十日之內兵臨長安城下！」言罷，命左右侍衛驅逐使者回京。
使者回至京師，僖宗聞言大驚。又報巢兵到八里橋安營。田令孜奏曰：「事已急矣，不如前往西祁州避兵。」帝問曰：「西祁州哪得宮殿安身？」田令孜奏曰：「昔日明皇因安祿山漁陽兵變上西祁州避兵，建立的宮殿尚存。」帝即傳旨，收拾三宮六院，嬪妃彩女，上西祁州去。田令孜奏曰：「軍情緊急，只一君一後足矣，嬪妃彩女顧不得了！」後人有詩嘆曰：
玄宗回馬楊妃死，
雲雨難忘日月新。
終日聖明天子事，
景陽宮井又何人。
唐末詩人羅隱有《帝幸蜀》詩詠其事：
「馬嵬煙柳正依依，
又見鑾輿幸蜀歸。
泉下阿蠻應有語，
這回休更冤楊妃。」
（「阿蠻」是楊貴妃的小名。）
號稱「秦婦吟秀才」的唐末進士韋莊《立春日作》與此意境相同：
九重天子去蒙塵，
御柳無情依舊春。
今日不關妃妾事，
始知辜負馬嵬人。
卻說黃巢正坐帳中，哨馬報僖宗離了長安，望西祁州去了。黃巢即令將士領兵追趕。葛從周曰：「且令人先洗宮院，登了大位，那時再追不遲。」黃巢即令葛從周領兵去洗宮院。但見唐宮中：
黑漫漫征雲籠鳳閣，昏慘慘殺氣繞龍樓。喊聲滾滾，美嬪妃急登羅幃；戰鼓咚咚，俏彩女忙投錦帳。千秋池下，撇了些破甲殘旗；萬歲山前，丟了些折弓損箭。絳綃樓下胭脂濕，白玉城邊血浪翻。
長安城內百官現在才知道田令孜挾持皇帝、皇后逃走，拋下群臣與嬪妃不顧！無奈之餘，金吾將軍張直方率群臣迎黃巢義軍於灞上。黃巢內著細甲外披黃袍，由眾將保駕昂然而入。
黃巢的人馬隊伍從長安城東門而入，浩浩蕩蕩絡繹不絕，一直到掌燈時分進城的步伐雜沓之聲還在街巷中迴蕩。
黃巢進城之後，便命副手尚讓張貼文榜，告諭安撫吏民：「黃王起兵本為百姓，不似李唐不愛爾曹，爾曹但安居無恐！」義軍將士在街道上遇到貧民，「往往施與之」。民間甚至編出「正月十五掛紅燈」，「端午時節插艾草」的故事來褒頌黃巢和他的起義軍。
黃巢入宮霸占了僖宗的數千宮女，在他眼中看去，個個是西施王嬙，終日終夜尋歡作樂！那班趨奉勢力的大臣，今天上一表，明天上一奏，勸黃巢登位稱帝。黃巢一不做二不休，自稱大齊皇帝，改元金統。封妻曹氏為皇后，封子黃球為太子。封尚讓為太尉、尚書令，葛從周為大都督，孟絕海為龍驤將軍，鄧天王為驍騎將軍，其餘眾人未有封賞。由於來不及準備，於是畫皂繒為袞衣，擊戰鼓代樂音，也是迫不及待。
黃巢端坐於大殿的龍椅之上，文武百官們山呼萬歲，黃巢志得意滿地笑了，這就是他從青年時代起孜孜以求的「長安夢」，到今天終於實現了。
黃巢的部下看到黃巢忙於登基，忙於封官，忙於找女人充實後宮，而自己遲遲得不到封賞，於是義軍將士如同明火執仗的強盜一般在長安街頭殺人越貨，「各出大掠，殺人滿街」。長安百姓在驚愕之中血流成河。
黃巢想用唐朝的政府官員來維持大齊政府的運作，於是規定，「三品以上全部停任，四品以下官復原職，但是必須到宰相趙璋的府邸投遞名帖。
唐朝舊臣好像是商量好了，誰都沒有到趙璋府邸投遞名帖。黃巢勃然大怒，乃大索里閭。宰相豆盧瑑崔沅等，避匿張直方家.
金吾大將軍張直方曾經率領眾臣到灞上迎接黃巢，並且主動投降，深得黃巢信任，但張方直畢竟是唐朝舊臣，心念舊情，所以容納公卿藏匿複壁，不料被黃巢察覺發兵攻入，搜得豆盧瑑崔沅等數人，一併梟斬，張直方全家也被處死，無一倖免。
前宰相盧攜，曾經多次拒絕過黃巢請降的要求，黃巢相當記仇，雖然盧攜已服毒自盡，但黃巢還是覺得不解氣，派人挖墳掘墓將盧攜屍首從棺材裡拖出來，在長安街上碎屍萬段，挫骨揚灰。
左僕射於悰，右僕射劉鄴匿居民間，都被搜斬。於悰妻廣德公主見夫被殺，執住賊刃慨然道：「我是唐室女，誓與於僕射同死。」賊不加詰問抽刀砍去，可憐一位賢德公主，也隨於駙馬同逝黃泉。正是：
巾幗猶知不惜生，
殉夫殉國兩成名。
長安不少名門女，
誰及當時公主貞？
黃巢為了搜刮更多的金銀財寶，居然大手一揮，命人去挖位於陝西乾縣梁山上的乾陵.
乾陵是武則天和唐高宗的合葬陵墓，黃巢打著籌措軍費的名義，動用四十萬大軍對乾陵進行破壞。
不過這幫小伙子砍人造反還行，崛人墳墓卻是一竅不通，根本搞不清乾陵到底在哪，結果半個梁山都挖開了，就是找不到陵墓入口，直到後來唐軍打回長安，依然沒有挖出一個銅板。
一個月之後，朔方節度使唐弘夫與齊軍在長安城外激戰數次，在一次偷襲中成功，斬齊軍首級數萬，進入長安城中。
長安城百姓對朔方軍給予了極大的歡迎與資助，但朔方軍寡不敵眾，被齊軍反攻，長安城再度落入齊軍之手。
老百姓偷偷幫助政府軍的行為徹底激怒了黃巢，黃巢便下令屠城。史稱「巢怒，縱兵屠殺，流血成川」。一支軍人屠殺平民百姓，肯定得不到民眾的擁護，其敗亡只是遲早的事。