由於肘腋生變，久慈治義根本來不及組織抵抗，在側近、馬廻眾、小姓的護衛下與其子久慈信義（九戶信仲女婿）一同倉皇逃出久慈城（新町城），甚至都來不及帶上自己的家眷一同逃亡。
可久慈治興、久慈親政、久慈修理大夫等人在正式發難之前就做好了充足的準備，早就將久慈城周邊完全封鎖了起來。
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使得久慈治義、久慈信義父子無法南下乘船經久慈川西進逃入九戶領，或是東進逃往久慈湊走海路北上三戶郡。
自知毫無生還的機會，久慈治義、久慈信義父子便只好退入久慈城西不遠處的久慈家菩提寺慈光寺之中，並於大殿裡先後切腹自盡。
在控制了久慈城，以及獲知久慈治義、久慈信義父子切腹自盡的消息後，久慈治興、久慈親政、久慈修理大夫等人直接將久慈家中不願追隨倒向上杉家一方之人盡數捕殺，並坐視上杉軍攻入野田城之中。
不僅如此，久慈治興、久慈親政、久慈修理大夫等人還不忘派遣使者前往十府浦的海灘上，獻上久慈治義、久慈信義父子的首級，以及從久慈城的府庫之中向上杉軍獻上兩千石糧草以資軍用。
面對久慈治興、久慈親政、久慈修理大夫等人的主動降服，里見義堯、澤根高秀二人並沒有拒絕。畢竟，他們此時是經海路迂迴，且孤軍深入，若是得不到九戶郡、三戶郡等地土著領主的支持，將很難在沿海地區站穩腳跟，更談不上有效牽制南部家的兵力。
再加上，房總水軍眾、下總水軍眾在登陸成功之後，還需要儘快將野田城攻落，並將其作為橋頭堡，而後才能繼續向九戶郡、三戶郡的腹地推進，否則退路和糧道極有可能會被南部家切斷。
於是，里見義堯、澤根高秀二人就向久慈治興、久慈親政、久慈修理大夫等人表示，只要表現活躍，就能為他們在上杉清定面前多多美言，並增加相應的知行地。
得益於先前南部家旗下的下北水軍眾在奉南部晴政之命南下馳援伊達稙宗一方的南奧大名、國人領主們之際，遭到了下總水軍眾、福地水軍眾的重創，不僅三日市越中守、澤田助三郎兩名船大將在海戰中遭到上杉軍佛郎機炮的炮擊身亡，還折損了兩艘關船、三艘小早。
使得作為下北水軍眾旗頭的中館儀忠在見勢不妙後，倉皇撤出戰鬥北逃。可福無雙至，禍不單行。
中館儀忠在率下北水軍眾的殘部逃回下北半島途中，於東閉伊郡物見山以東的周邊海域遭到了飆風（颱風、颶風）的突然襲擊，不少船夫都葬身魚腹。
等颱風過後，下北水軍眾就僅剩中館儀忠所在的旗艦關船一艘倖存。
但這艘關船也遭到了極大的損害。導致下北水軍眾名存實亡，根本無法阻止上杉家旗下水軍眾的迂迴登陸，更無法為己方沿海的城池兵砦進行輸送糧草兵員。
雖然下北水軍眾的大部分船夫都是漁民出身，也知曉『斷虹現，天要變』這類的預警諺語，但畢竟他們是在倉促逃亡的路上，哪裡還有餘力去關心別的事情。
而且，南部家不少重臣、旗下國人領主都認為是南部晴政這段時間的『惡行（窮兵黷武、攻滅鄰國、誅殺重臣等）』已經招致神佛震怒，故而讓下北水軍眾先遭到了天譴。
這下，就使得房總水軍眾、下總水軍眾並不需要擔心來自南部家旗下水軍眾的威脅。
與此同時，野田城二之丸、本丸的守軍在發現久慈家的四割菱旗指物也出現在上杉軍的陣營中後，就意識到久慈家已經倒向了上杉家一方，便徹底喪失了戰意，不斷有城兵放下武器縋城而下，向上杉軍投降。
野田政義、荒木田五郎、堀切攝津守等人自知無力扭轉敗局，以及無法堅持到主君南部晴政派來援軍救援，絕望的在本丸大廣間之中先後切腹自盡。而後，僅剩下一百餘人的城兵也放棄了抵抗，向上杉軍投降。
當然，若是南部晴政能在上杉軍沒有攻落野田城，以及久慈城沒有出現變故的情況下，調集足夠的兵力，並迅速向正在十府浦登陸的上杉軍發起突襲，還是有可能將立足未穩的上杉軍趕下海的。
隨著野田城、久慈城兩城的陷落，使得上杉軍主力與水軍已經形成對南部領的鉗形攻勢。
不過，里見義堯、澤根高秀二人並沒有因眼前的些許勝利而停下腳步，反而是留下向井甚之助部一百餘人進駐野田城、佐野才三郎部一百餘人進駐久慈城、安西中務少輔部兩百餘人駐守野田灣，負責守衛己方戰船，隨後就以久慈治興、久慈親政、久慈修理大夫等人為先導役，以里見義弘為先陣，率三千五百餘軍勢在稍作休整後，攻向九戶郡的腹地。
有人歡喜有人愁，與捷報頻傳、興高采烈的上杉家高層相反的是，南部晴政的日子是一天不如一天——一門親族眾筆頭石川高信於高水寺城被圍、岩手郡與筑波郡兩郡出現反覆、閉伊郡諸將叛離、津輕諸將難以攻落十狐城、上杉軍主力正沿著北上川不斷北上、上杉家旗下水軍眾已於野田灣登陸、八戶南部家新任家督八戶清祐於八戶根城被圍、九戶家因四戶家、葛卷家叛離而無法出兵南下為高水寺城解圍等諸多不利於南部家消息，正如同雪片一般飛至南部家的本據三戶城之中。
隨著形勢不斷惡化，南部晴政是愈發憂懼，不得不要求浪岡北畠家儘快發兵馳援自己。
可如今的南部家已是陷入了風雨飄搖、內外交困、腹背受敵的窘境之中。
與上杉家不同的是，南部家主要的財政收入還是依靠傳統的農業賦稅，加上上杉家很早就對南部家進行了經濟封鎖，禁止任何戰略物資運往北奧諸郡。
這就使得南部家根本就不能支撐長期而大規模的戰爭。
再加上南部家的庶子家遍布北奧諸郡，且皆享有一定的特權，甚至還威脅到南部氏一門總領的安危。
所以，三戶南部家取代八戶南部家成為總領家之後，歷代家督都在想方設法削弱各庶子家實力，以及積極對外開疆拓土，從他人的手裡爭奪財富，奪回經濟權，積蓄實力，稱霸一方。
可凡事都有兩面性，三戶南部家此舉卻招致了南部氏各庶子家的強烈不滿。他們紛紛懷念起八戶南部家作為總領家的那段時日。
而上杉家討伐南部家剛好處於冰雪消融之後的春耕之時，導致南部晴政可以徵召的軍勢是少之又少，加上本就不多的兵力還需要分散駐防各重鎮要地，以及牽制家中叛臣和突襲北出羽，以至於處處設防，處處不防，一爆發戰事就毫無招架之力。
先不說遭到攻擊的東九戶郡沿海地區，眼下的南部晴政是疲於應付、狼狽不堪，就連被孤立的高水寺城都無力出兵相救，只得全線被動挨打。
首先，在上杉定虎指揮，以及斯波孫三郎的招撫下，上杉軍主力在刀一出鞘，就刀刀見血。不僅以雷霆萬鈞之勢接連奪取岩手郡、筑波郡兩郡之中的豬去城、雫石城、見前城、赤澤城、志波城、岩清水城、煙山城等諸多重鎮要地，還迫使先前倒向南部家一方大量原高水寺斯波家重臣、旗下國人領主們不戰而降，直接掃清了南部晴政先前設置的所有障礙；
其次，大光寺政基、尾崎治家、多田秀綱、田舍館政朝、小山內滿晴等南部家家中重臣們，以一千餘軍勢翻越矢立峠後，就算與淺利家中反檜山安東家的淺利賴治、淺利賴重、淺利定賴、淺利正賴等淺利一族的武將們進行合流，也沒能在短時間內攻落十狐城，反而被檜山安東軍不斷襲擾糧道、小荷馱隊，處境也是愈發艱難，隨時都有陷入孤立無援的可能；
再次，盤踞在北郡的七戶家、平內七戶家更是將南部晴政派去討伐的堤則景、津村傳右衛門、奧瀨定直等家中重臣們打得大敗而逃，導致南部家在北郡的統治瀕臨崩潰；
而後，大里備中守、花輪親行、柴內相模守、圓子光種、折壁主殿、長內昌茂、湯瀨宮內少輔等鹿角郡土著國人領主們紛紛叛離，並圍攻南部家派駐在鹿角郡的長牛城城主長牛政義（一戶南部家庶流）、石鳥谷城城主石鳥谷正友（三戶南部家庶流）、當麻城（毛馬內城）城主毛馬內秀范（南部政康五男，鹿角郡郡代）等人；
然後，東九戶郡的大野城城主大野具久、蛇口城城主蛇口彌助、小輕米城城主小輕米久俊等國人領主們在獲知沿海的久慈城、野田城兩座重鎮皆被上杉軍奪取後，見南部家大勢已去，完全看不到任何取勝的希望。為了保全家名存續，以及治下領地不遭到兵燹波及，他們便非常識時務的先後向上杉軍開城投降，並遞交誓書和人質，以示恭順之意；
最後，南部晴政為了儘可能阻遏上杉軍主力北上的勢頭，便將先前投奔自己的熊谷直秋、浜田宗綱、大原信胤等人召來商議對策，並表示願意資助他們重返舊領、發起一揆。可如今的形勢大為不同，熊谷直秋、浜田宗綱、大原信胤等人早就見識過上杉軍的厲害，哪裡還敢再度與上杉軍交手？便紛紛婉拒了他的好意。
見熊谷直秋、浜田宗綱、大原信胤等人已經畏上杉軍如虎一般，南部晴政自然是無法指望他們能派上什麼用場，便不再詢問他們對策。
可以說，此時的南部晴政再也沒有先前的狂妄自大、目中無人的態度，已然明白為何上杉家能在東國之地一家獨大的原因，以及認識到上杉家與曾經足利將軍家派來的討伐軍完全不同後，他再也沒有與上杉家繼續抗爭下去的底氣。
在與東政重、南長義、櫻庭光康等家中重臣們商議一番後，南部晴政就決定儘快派遣使者前往京都，請求足利義輝介入北奧諸郡的戰事，從而讓南部家與上杉家之間達成停戰議和，以確保南部家繼續領有北奧諸郡之地。
然而，南部晴政卻等不到足利義輝下達御教書那一刻了。
因為，困守在十狐城的安東愛季為了打破困境，直接將先前對南部晴政抗命不從的大浦城城主大浦為則、淺瀨石城城主淺瀨石政氏調略至己方，並要求他們對南部家治下津輕諸郡的各重鎮要地進行襲擾，迫使進入秋田郡比內莊的南部軍撤回。
加上八木橋城城主門脇政吉、中野城城主片山大膳、摩當城城主野呂七藏等淺利家重臣們並不願意倒向南部家一方，但他們也沒有對檜山安東家伸出援手，反而是各自在居城加強防備，並將安東愛季擅自介入淺利家家督相續之事向上杉清定進行控訴，還觀望局勢奧羽兩州的局勢發展。
正所謂，站在風口，豬都能飛。
然而，風口是轉瞬即逝，若是不能快速行動，就例如岩清水義教、梁田詮泰、千德善勝、野田政義、久慈治義等人那樣，堅定站在南部家一方，下場是極為悲慘的；反之，例如四戶宗泰、八戶治義、七戶直國、七戶宗慶、津輕石義富、久慈治興、葛卷光祐等人那樣，及時倒向上杉家一方，收益不說非常巨大，至少能保住自己的家名存續，以及治下的一畝三分地。
簡而言之，當斷不斷，反受其亂！
先前站在南部晴政一方，且與宗家四戶家劃清界限的櫛引城城主櫛引清實、島森城城主島森安藝守二人是悔不當初，他們在獲知南部家在各個戰線都處於被動挨打的狀態後，南部領不少地區皆是望絕勢窮的狀態。
櫛引清實、島森安藝守二人並非榆木疙瘩，還是非常識時務的人，他們可不想為行將就木的南部家陪葬。為了能早些與上杉軍搭上關係，想方設法通過七戶家、葛卷家，與一門總領四戶宗泰進行和解，並倒向上杉家一方。