當然，上杉清定為了避免快川紹喜於美濃境內煽動信徒、國人領主發起一揆，更不希望快川紹喜、速傳崇販、慧雲宗智等人逃出美濃，就命長尾賴春、新保景重、木曾義昌、小笠原長隆、望月信雅等信濃諸將，以五千餘軍勢進駐美濃可兒郡，策應圍攻崇福寺、瑞龍寺、龍慶寺等臨濟宗妙心寺東海派寺院的友軍。
上杉家與美濃守護代齋藤家不同，並不會將不輸不入的特權繼續授予那些形象力較大的寺院神社，更不會讓這些寺院神社游離於上杉家的法度之外、無視世俗綱紀。
清定深知，若是不將崇福寺、瑞龍寺、龍慶寺等臨濟宗妙心寺東海派寺院剷除，那麼美濃境內則奸邪不絕、戰亂難平，亂世禍根永固。
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隱忍既盡，兵戈遂起。
延友信光、遠山直廉等將在率兩千五百餘軍勢將崇福寺團團包圍起來後，還不忘封鎖山間所有隘口險道、溪徑小路，斷絕寺院一切外援與逃遁之路。可謂是層層列陣、壁壘森嚴，將這座建立於鎌倉時代（永正八年由齋藤利安重修），且還是五山體系的禪剎圍得是水泄不通，準備一舉踏平禪林、清剿叛逆。
隨著延友信光、遠山直廉等將的一聲令下，強攻的法螺聲吹響了。
崇福寺僧兵以及武田家舊臣們自知罪無可赦，就依託高聳寺牆、巍峨大殿、迴廊樓閣進行負隅頑抗。
僧眾手持長弓、太刀、薙刀、長槍等武器，身著大鎧、胴丸，踞於牆頭殿頂，居高臨下拋石射箭、擲火拒敵，拼死抵禦上杉軍的攻勢。
山間殺聲震天、箭雨、彈丸紛飛，禪林淨土頃刻淪為血腥戰場，昔日誦經禮佛之地，盡成廝殺搏命之場。
上杉軍依靠兵力、裝備上的絕對優勢，久攻不怠，僅半個時辰就用沖城錘撞開崇福寺總門，蜂擁而入，踏碎青石階，殿宇甬道盡成戰場。
崇福寺僧兵、武田家舊臣死戰至力竭，一百餘人無一人生還，先後被上杉軍討取，鮮血浸透了殿前丹墀。
崇福寺中建築皆為百年木構，飛簷雕梁、迴廊木柱極易引燃，遇火頃刻烈焰翻騰、赤火沖天。香火經年的木質殿宇、堆疊經卷的藏經樓閣、錯落排布的禪房僧舍，接連被烈火吞噬，熊熊火勢借山風肆意蔓延，燎原百里、濃煙蔽日，沉沉黑霧遮天蔽日。
烈焰焚山，晝夜不息，整整三日夜大火不滅。莊嚴金身佛像在烈火中炸裂熔毀，千年典藏經書於煙火里化為飛灰，精美雕花殿梁轟然坍塌，青石台基被烈火灼燒發燙。
昔日晨鐘暮鼓、檀香縈繞的清淨梵剎，煙火裊裊的莊嚴道場，轉瞬淪為煉獄焦土。
很快，烈火席捲崇福寺大雄寶殿。
再怎麼說，快川紹喜也是揚名於近畿、東國的高僧，延友信光、遠山直廉等將也不願對其舉起屠刀，就準備讓他圓寂於熊熊烈焰之中。
只見朱紅廊柱燒得爆裂作響，滾滾黑煙堵死門窗，灼熱的氣浪烘得佛龕鎏金熔落成滾燙液滴，灼熱的氣浪更是讓人無法靠近。殿門已被上杉軍用木栓死死鎖牢，內外無路可逃，寺中老弱僧侶擠在佛像階下，被濃煙嗆得涕淚橫流，火星簌簌落在眾人肩頭，哀哭不絕。
而快川紹喜則是一身素色僧衣，安穩趺坐於佛像前蒲團之上，周遭火浪近在咫尺，衣袂邊角已熏得焦黑，他卻眉目平和，心底一片死寂澄明，不見半分惶懼。
可快川紹喜身旁的僧侶們皆痛哭叩首，請求禪師設法逃出生天，但他卻緩緩抬手，壓下滿堂哀啼，聲線沉穩穿透滾滾煙火，無半分貪生畏死的慌亂。
自從武田家被上杉家攻滅後，快川紹喜就深知自己半生依附的基業、堅守的信念，皆已付諸東流。此刻烈焰鎖殿，看似絕境奪命，於他而言反倒成了最乾淨的歸處。
快川紹喜也暗自釋然，他曾經身為武田家政僧、使僧，深受武田家恩顧，既然武田家覆滅，自己也就不必苟且偷生、屈辱於世，以一身為武田家而殉、以一念守禪心，便是自己最好的歸宿。
數十年禪修的定力，讓快川紹喜壓下了肉身被炙烤的刺痛，褪去了塵世所有的執念與牽絆。功過榮辱、興衰得失，在漫天火光中盡數化為虛妄泡影。外界生死臨頭的絕境、悽厲悲苦的亂象，終究擾不了他早已勘破生死的道心。
望著滿殿惶恐悲泣的僧眾，快川紹喜神色安然、心境通透澄澈，唇角凝著一抹淡然從容的笑意，從容吟出千古偈語：「安禪何須山水地，滅卻心頭火自涼。」
話音落時，頭頂木椽轟然塌落，漫天火光將整座大殿吞沒，誦偈之聲消散在火海之中，一眾僧人與禪師一同葬身在漫天烈焰之中······
等火勢寂滅之後，滿山狼藉、滿目瘡痍。連片殿宇盡成斷壁殘垣，遍地焦木碎瓦、熔鐵殘石，山林草木盡數枯槁。所有藏匿寺中的武田家舊臣、負隅頑抗的作亂僧眾，無一人得以逃遁，盡皆伏誅於火海兵刃之下，屍骸焦黑堆疊、血染山土，不分老弱沙彌、頑逆僧徒，盡數覆滅。
一座傳承了數百年、歷經美濃守護土岐家、美濃守護代齋藤家家修葺的名山大剎，不曾毀於歲月風霜，終因匿叛蓄亂、干政抗法、悖逆天道王綱，徹底覆滅於亂世兵戈之中。
空山寂寂，唯余斷碑殘燼、焦土荒墟，昔日梵音鐘鳴徹底斷絕，徒留一段佛門亂政、自取滅亡的亂世悲歌。
與此同時，瑞龍寺、龍慶寺等寺院的處境也與崇福寺相差無幾。
相川甚五兵衛、伊藤玄蕃、內田監物、大村忠堯、大井攝元、平井源之進（平井賴母長男）、平井長太夫（平井賴母次男）等武田家的舊臣們也先後伏誅，瑞龍寺住持速傳崇販、龍慶寺住持慧雲宗智等人因拒不出降，在寺院被攻滅後被上杉軍擒殺，首級也在隨後送往上杉家本據小田原城。
至此，豢養僧兵，且頻頻介入世俗政務的崇福寺、瑞龍寺、龍慶寺等臨濟宗妙心寺東海派寺院被上杉家一舉剷除。
之後，曾在別傳之亂中，被妙心寺派總本山京都妙心寺除籍的傳燈護國寺，也在上杉家的斡旋之下得以復籍，原傳燈護國寺住持別傳宗龜在上杉家的支援下返回美濃，並取代崇福寺統轄全美濃臨濟宗妙心寺派寺院。崇福寺、瑞龍寺、龍慶寺等庇護武田家舊臣的臨濟宗妙心寺東海派寺院則盡數除籍，香火斷絕。