「在治理河道中，對於全局形勢貴在有貫徹始終、周全遠近的遠見卓識，寧可損小而圖大，不可為拯救一方而誤全局，寧可不顧目前以圖長久之計，不可貪圖一時之利而貽害於後世；對於局部形勢，則要隨時隨地因地制宜、因勢利導。如果不明白這個道理，治水就會事倍功半；反之則能收到事半功倍的效果，如同孫臏圍魏救趙、庖丁解牛一樣，用力少而功績大。」徐霞客最後就治水做總結性發言。
聽了徐霞客這番話，皇上覺得茅塞頓開，不由拍掌笑道：「朕聽了先生的話，真是勝讀十年書啊！」
皇帝聽了徐霞客的治河見解以後，他認識到：河道的敝壞已經達到極點，進行全面大修已是刻不容緩的事情。只有將黃、淮、運三者看作一盤棋，進行綜合治理，才可能從根本上消除河道弊病。
吃完筵席以後，朱由校留著左光斗、徐霞客等人繼續討論問題。皇上直接開門見山的發出請求：「徐霞客先生，朕希望您能入朝為官，徹底解決水患。朕希望您能為朕分憂，為朝廷效力，為天下百姓生計努力。」
皇帝的請求，內心十分驚訝。徐霞客生於萬曆十四年，到現在他其實只有三十五歲的年紀。也許是因為旅途勞累、風吹雨打的緣故，他的面相比同齡人要蒼老一些，但因為長期鍛鍊身體，他的體魄要比同齡人敏捷許多，正是大幹一番事業的好歲數。
十五歲時，徐霞客應過一回童子試，未取得秀才資格，沒有功名，還算不得讀書人，那時他就斷了仕途的念想。他的父母非常通情達理，見兒子無意功名，也不再勉強，就鼓勵他讀萬卷書行萬里路，做一個有學問的人。
成年後，徐霞客離開家裡，過上了「大丈夫當朝碧海而暮蒼梧」的生活。今日，徐霞客有了進入仕途的機會，他卻覺得有些無所適從。雖然他跟皇帝講了一大套地理學的知識，但這並不代表他想成為大明官員，說實話，他已經過慣了自由自在的生活，不願意為皇權所束縛，他試圖婉拒皇上的好意：
「回陛下，草民沒有功名，連秀才都不是。平日裡草民只是閒雲野鶴之人，進入官場，恐怕不能勝任職位，不能完成陛下的囑託，會辜負陛下的信任。」
「自古偉丈夫烈英雄沒有功名的人多得是！大英雄患在事業不立，餘事都不足道。先生雖然沒有功名，但對地學的認知上，幾百個科舉進士綁在一起也比不過一個徐霞客。」朱由校用讚嘆否決了徐霞客的婉拒。
「陛下，草民沒有那麼高的志向，草民只是想做一個雲遊四海之人。」徐霞客說出這話的時候，就後悔了。不應該拒絕皇上，他也不知道他哪來的勇氣說不。他抬頭望望，皇帝並沒有生氣，只是在沉思。
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「朕明白了，你想把所有時間都用在遠遊天下山水。可是你已經去了那麼多的地方，朕相信你也看到了現在世道不太平，一個不太平的世道如何能放心遠遊呢？三年，朕就需要你效力三年，三年一到，不管水患解沒解決，你都可以繼續你的旅程，朕絕不攔著。希望你能答應朕的請求。」說完，朱由校一直注視著徐霞客的眼睛。
「草民願意為皇上效勞，解決黃河水患。」徐霞客也知道不能再拒絕了，再拒絕就要掉腦袋了。
「好，只要你認真做事，協助左光斗整頓好河防，三年一到，你可以選擇繼續待在朝廷做事也可以巡遊天下，朕說話算數。你出門在外花銷巨大，朕還要給你提供一些銀兩上的資助。」
「謝陛下，草民謹遵聖喻。」
「徐霞客，你家裡還有親人麼？」
「回陛下，家中的老娘還健在。」
「朕會派人把你娘接到京城照料，朕會把她當做家裡的老人來照顧。這樣你即使後來遠遊的時候，也不必擔心家裡的安危。」
「謝陛下，陛下皇恩浩蕩，讓草民感激涕零。」徐霞客跪在地上謝恩。
「好了，起來吧徐霞客，不要在自稱草民了，你現在是我大明朝廷的官員了。」
「是，陛下。微臣知道了。」
朱由校很高興，他今天收穫一位民間的人傑。這樣的人傑真是可遇不可求啊！不過畢竟徐霞客沒有在官場上待過，朱由校把他安排給河道總督左光斗當副手，協助左光斗辦公。隨後皇上詢問左光斗這些天在忙什麼，有沒有什麼要緊事需要匯報。
徐霞客跟皇帝講得多是治水方法，左光斗匯報給皇帝的是一部分水災成因——人禍。萬曆後期河工長期缺乏有效的管理，沿河官吏懈怠、夫役逃亡，致使大堤無人防守。不僅如此，大堤還常遭到人為的破壞：
南來北往的商賈船舶為了逃避運河沿途的關稅，經常偷偷地掘開高堰大堤，從湖中順流出清口，可以省下不少費用，獲得很大的利潤；沿河擁有大片土地的豪強地主們則不顧百姓的死活，經常盜掘河堤，引水灌溉，一旦所掘之口控制不住，就會引起整段大堤的坍塌，嚴重地威脅著沿河居民的安全；另外，無業游民和貧苦夫役為了謀求生計，也經常盜取築堤用的木板、木樁等進行販賣。
各地區因本地距河湖遠近不同，也總是根據本地的利益，或者堵閉政府所修的水閘，或者私自啟放閘壩放水澆地，並不遵守朝廷的河防規章。左光斗一個月前派人堵塞河堤缺口，當地人卻聚眾驅逐夫役，不讓施工，地方官不但不加約束，反而以需要上報朝廷等候批覆為藉口，命令暫停堵決工作。這種地方保護主義導致黃、淮、運三河無統一的規劃，常常是此地手藝而彼地遭災。
皇帝聽了以後，心裡非常憤怒。他跟左光斗講：「你把聚眾鬧事，阻攔河工施工的刁民告訴朕，朕回京以後讓許顯純來好好處理一下。」
「陛下，不必動用錦衣衛吧！」
「左愛卿放心，朕會叮囑許顯純讓他不要冤枉好人，濫殺無辜的。左愛卿也可以幫朕盯著一點，他有什麼錯誤，你大可寫奏章彈劾他。」左光斗聽完皇上的許諾，放心了不少。
左光斗又跟皇帝講了昨天回來的路上，遇見一隻船隊正在破壞河堤，以此來躲過收稅的關卡。被河道總督堵了個正著，左光斗急忙派漕運的兵丁前去攔截，結果官兵懶懶散散，讓商船逃走了不少。幸好跟著徐霞客出遊的小伙子出手才攔住一艘商船。當天，這個年輕人習武多年，有一身好武藝。他用自己的硬弓連發三箭射死了商船上的三個頭目，才勉強逼住這伙生財無道的奸商。隨後左光斗就跟皇上控訴官兵多麼的不得力。
「我看這些官兵跟那些奸商就是一夥的，所以才拖拖拉拉跟軟腳蝦似得。」在會客堂上離皇帝最遠的青年講話了。
「你這孩子，別亂說話。」徐霞客訓斥到這個青年。
「陛下，草民知罪了。」這個小伙子意識到自己說錯話了，跪在地上請罪。
「你為何跟著徐霞客啊？」朱由校問這個青年。
「徐先生見多識廣有文化，我父母想讓我跟著徐先生出去見一見市面。」青年不卑不亢的回答，他講一口非常標準的京城官話。
「皇上，這個小伙子是微臣鄰居家的兒子，我常年出遊在外，鄰里之間對微臣的老母多有照顧。為此，我特地接受鄰居的委託，帶他出來長長見識。他今年才十七歲，還很不懂事容易說錯話，請陛下原諒他。」徐霞客在一旁解釋道。
「十七歲不小了，朕也才十七歲。放心吧，朕不會因為這點小事遷怒於人。」
「陛下寬宏大量，實是人君楷模。」左光斗在一旁讚嘆道。
「話說回來，你這一口京城官話說得不錯啊！」皇上詢問這位血氣方剛的青年。
「回陛下，草民原本是北直隸通州人，七年前才隨父母搬到南直隸江陰城居住。」青年回答皇帝的詢問。
「告訴朕，你叫什麼名字。」
「回陛下，草民叫閻應元。」