當大明朝堂深陷於魏忠賢閹黨與東林黨人血腥內鬥的泥沼時，帝國東北邊陲的遼東大地，一場足以燎原的烽火正悄然積聚，終將演變成吞噬大明國祚的熊熊烈焰。這場烽火的中心，便是建州女真首領努爾哈赤及其創立的後金政權。
努爾哈赤，姓愛新覺羅，其祖、父皆曾在明軍任職，後在明軍討伐女真其他部落的戰事中誤遭殺害。憑藉明廷所賜的敕書和少量遺甲起家，努爾哈赤以卓越的軍事才能和政治手腕，開始了統一女真各部的程序。他創立八旗制度，將分散的女真部落整合成一個組織嚴密、戰鬥力強悍的軍事共同體；他命人創製滿文，提升了民族凝聚力。至萬曆四十四年（1616年），努爾哈赤在赫圖阿拉稱汗，建國號「大金」（史稱後金），建元「天命」，正式與明朝分庭抗禮。
明朝方面，自張居正改革時期重用李成梁鎮守遼東，雖一度維持了相對穩定的局面，但李成梁晚年為求邊功，對努爾哈赤的崛起採取了綏靖甚至扶持的態度，養虎為患。萬曆後期，朝廷黨爭加劇，財政窘迫，對遼東的注意力和管理力度均大為下降。邊備逐漸廢弛，軍餉拖欠嚴重，官兵士氣低落。
後金政權的崛起，嚴重威脅了明朝在遼東的統治和作為明朝藩屬的葉赫等女真部落。萬曆四十六年（1618年），努爾哈赤以「七大恨」告天，誓師伐明，正式揭開了明金戰爭的序幕。其兵鋒首指撫順，明守將李永芳不戰而降，撫順失陷，遼東震動。
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訊息傳至北京，舉朝驚駭。明神宗決定調兵遣將，大舉征剿，意圖一舉殲滅後金。萬曆四十七年（1619年），明朝集結了來自全國各地及朝鮮、葉赫部的聯軍，號稱四十七萬（實際約十一萬），兵分四路，由經略楊鎬坐鎮瀋陽指揮，向赫圖阿拉合圍，企圖一舉蕩平後金。這便是決定遼東命運的「薩爾滸之戰」。
然而，明軍雖眾，卻存在致命弱點：兵力分散，各路將領互不統屬，協調不力；主帥楊鎬庸懦無能，急於求成；軍隊多為臨時抽調，不習遼東地理氣候；更重要的是，朝廷內部對此次大戰的決策和準備充滿倉促與輕敵。努爾哈赤則採取了「憑爾幾路來，我只一路去」的集中優勢兵力、各個擊破的正確戰略。
戰役自三月初一開始。努爾哈赤首先集中八旗精銳，在薩爾滸山擊潰明軍主力杜松部，總兵杜松戰死。隨後，迅速轉移兵力，擊敗馬林率領的北路明軍。接著，設計誘使劉綎率領的東路軍深入，在阿布達里崗設伏全殲，劉綎力戰身亡。僅李如柏率領的南路軍倉皇撤退，得以保全。明軍三路喪師，文武將吏死者三百一十餘人，軍士陣亡四萬五千八百餘人，損失慘重。
薩爾滸之戰是明清興亡史上的關鍵轉折點。此戰後，明朝在遼東的戰略態勢由主動進攻轉為全面防禦，而後金則掌握了戰爭主動權，勢力大增。努爾哈赤乘勝進軍，接連攻陷開原、鐵嶺等重鎮，遼東局勢急劇惡化。
面對危局，明朝不得不調整策略，轉而採取「固守遼西」的方針。天啟年間，先後起用熊廷弼、袁應泰、王化貞、孫承宗、袁崇煥等經略、督師經營遼東。其中，熊廷弼提出「三方布置策」，但受朝中黨爭掣肘，未能有效實施，最終因廣寧失守與王化貞一同被問罪處死。孫承宗則大力整頓關寧錦防線，修築堡壘，任用袁崇煥等將領，局勢一度有所穩定。
努爾哈赤死後，其第八子皇太極繼位，改元天聰。皇太極調整策略，暫時緩和與明朝的正面衝突，轉而東征朝鮮，西撫蒙古，以解除後顧之憂，並多次繞道蒙古，破長城而入，深入明朝京畿地區騷擾，史稱「己巳之變」（天啟七年，1627年）和「丙子虜變」（崇禎二年，1629年），極大地消耗了明朝的國力，並動搖了其統治信心。
儘管有袁崇煥在寧遠、寧錦（天啟七年）再次挫敗後金軍，取得了「寧錦大捷」，但此時明朝內部的政治環境已極度惡化。魏忠賢閹黨專權，對前線將領多有猜忌和掣肘。袁崇煥也因不被閹黨喜歡而被迫去職。崇禎皇帝即位後，雖誅殺魏忠賢，重新起用袁崇煥，委以督師薊遼的重任，但朝中黨爭並未停息，對袁崇煥的猜忌和攻擊始終存在。
崇禎二年（1629年），皇太極繞道蒙古，突破長城喜峰口，兵臨北京城下，引發「己巳之變」。袁崇煥星夜馳援，雖力戰退敵，卻因皇太極施反間計以及朝中政敵的攻訐，被崇禎皇帝下獄，次年以「擅主和議、專戮大帥」（指殺毛文龍）等罪名被磔於市。袁崇煥之死，是明末遼東戰局的又一重大損失，自毀長城。
此後，明朝在遼東雖仍有祖大壽、吳三桂等將領勉力支撐，但戰略上已完全陷入被動。皇太極不斷對遼西防線施加壓力，並最終在崇禎十五年（1642年）的「松錦大戰」中，殲滅明軍主力洪承疇部十三萬人，明朝在關外的精銳損失殆盡，僅剩寧遠、山海關等孤城。遼東烽火，已然燎原，大明王朝的喪鐘，在關外鐵騎的衝擊下，一聲聲愈發清晰、急促地敲響。這來自遼東的烽火，與內地蜂起的流民起義內外交織，共同將帝國推向了萬劫不復的深淵。