萬曆皇帝登基後的紫禁城，表面上維持著新君臨朝的肅穆氣象，實則權力結構已悄然重塑。隨著高拱被逐，內廷有司禮監掌印太監馮保與兩宮太后（尤其是萬曆生母李太后）緊密聯結，外廷則由新任首輔張居正以帝師身份獨攬大權。一個以「太后—馮保—張居正」為軸心的鐵三角穩固形成，而年幼的萬曆皇帝，則在這個權力框架內，開始了他在張先生嚴格教導下的帝王啟蒙教育。
張居正，字叔大，號太岳，湖廣江陵人。他歷經嘉靖、隆慶兩朝沉浮，早已對大明帝國的沉疴痼疾洞若觀火。如今，天時（主少國疑）、地利（位居首輔）、人和（內廷支援）皆備，他決心以雷霆手段，推行一場旨在富國強兵的全方位改革，史稱「萬曆新政」或「張居正改革」。其核心，在於「尊主權、課吏職、信賞罰、一號令」，中心目標則是扭轉嘉靖以來「吏治因循、財政窘迫、邊防廢弛」的危局。
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改革的第一把火，便燒向了癱瘓臃腫的官僚體系。萬曆元年，張居正奏請推行「考成法」。此法規定：六部、都察院將所屬官員應辦事務，酌量道路遠近、事情緩急，訂立期限，記錄在三本帳簿上。一本由部院留底，一本送六科備案，一本呈交內閣查考。六科負責稽查六部執行情況，每半年上報一次，對拖延積壓之事進行參奏；內閣則透過六科控制六部，並根據考核結果，決定官員的升遷黜陟。
「考成法」如同一道緊箍咒，套在了整個官僚集團的頭上。它打破了以往考核流於形式的弊病，將政務辦理的效率與官員的仕途直接掛鉤，實現了「月有考，歲有稽」，使得「政令萬里，朝下而夕奉行」。以往拖沓推諉的官場風氣為之一肅，行政效率顯著提高。然而，此法也極大地強化了內閣（實為張居正個人）的權力，使其能夠透過控制考核，有效驅使整個官僚機器為其改革目標服務，難免有「權侵部院」之譏。
在整頓吏治的同時，張居正也深知帝國財政已到了崩潰的邊緣。賦役制度混亂，豪強地主隱匿田產，轉嫁負擔，導致「富者田連阡陌，竟少丁差；貧者地無立錐，反多徭役」。在清丈全國土地（詳後）的基礎上，張居正於萬曆九年，下令在全國範圍內推行「一條鞭法」。
此法乃是將各州縣的田賦、徭役以及各種雜征、土貢悉數合併，折算成銀兩徵收，統一上繳。力役則由官府僱人應役。簡化了稅制，減少了官吏層層盤剝的機會。更重要的是，它將大部分稅收貨幣化，適應了當時商品經濟發展和白銀大量流入（得益於隆慶開關）的趨勢。
「一條鞭法」的推行，在一定程度上實現了「攤丁入畝」，減輕了無地少地農民的負擔，增加了國家的財政收入。史載，至萬曆十年左右，太倉（中央銀庫）積銀達四百餘萬兩，太僕寺（馬政機構，亦存貯帑銀）積銀逾千萬，國庫充盈程度為明中葉以來所未有。然而，此法在執行中也存在弊端，如銀兩熔鑄的火耗往往成為地方官新的盤剝藉口，且將徭役完全折銀，在遇到大型工程或戰事時，容易出現雇役困難。
為了給「一條鞭法」提供可靠依據，張居正頂住巨大壓力，於萬曆六年下令清丈全國土地。他任用張學顏為戶部尚書，主持此事，要求各地「丈田畝、清浮糧」，嚴厲打擊豪強地主隱匿田產的行為。儘管在清丈過程中，一些地方官為求政績，存在「短縮步弓，虛增地畝」以加賦的現象，但總體上，這次大規模清丈基本摸清了帝國的田產底數，查出大量隱匿土地，為公平賦稅奠定了基礎。
在軍事上，張居正任用並全力支援戚繼光鎮守薊州、李成梁鎮守遼東。他給予戚繼光極大的信任和自主權，使其能夠充分施展才能，修築邊牆，整頓營伍，訓練車步騎混合兵團，打造了一支威震漠北的「戚家軍」，使得薊門晏然。而李成梁則在遼東屢破韃靼、女真各部，武功赫赫。張居正還重用潘季馴，委以其治理黃河、淮河、運河的重任。潘季馴提出「築堤束水，以水攻沙」的策略，卓有成效，保障了漕運暢通和沿岸民生。
張居正的改革，並非僅限於具體政策。他深知皇帝教育的重要性，親自為小皇帝編纂《帝鑒圖說》，選取歷代明君賢臣的事跡和昏主佞臣的劣跡，配以插圖和解說，深入淺出，寓教於樂。他為萬曆安排的經筵日講極其嚴格，要求皇帝反覆研讀經史，探究治國之道。在張居正和李太后的嚴格管教下，少年萬曆對這位「張先生」既敬且畏，言聽計從。
然而，張居正秉政的十年，也是其個人權威達到頂峰的十年。他以「非常之事，待非常之人」自況，行事果決，甚至有些專斷。考成法使內閣權力空前集中，六部幾成屬吏；他打擊政敵不遺餘力，對批評其改革的言論往往予以壓制；其家人子弟在家鄉江陵，也難免倚仗其權勢，行事多有跋扈之處。這些都為日後反張勢力的反彈埋下了伏筆。
儘管如此，張居正改革在短期內取得的成效是顯著的。史稱其時「太倉粟可支數年，積金至四百餘萬。成君德，抑近幸，嚴考成，綜名實，清郵傳，核地畝，一時治績炳然」。大明王朝呈現出嘉靖、隆慶以來未曾有過的中興氣象。然而，這盛世的光芒，很大程度上依賴於張居正個人的權威和鐵腕手段。當這位「救時宰相」一旦倒下，他所構建的改革大廈，以及他與少年皇帝之間那微妙而複雜的師生君臣關係，又將面臨怎樣的考驗？帝國的航船，在張居正的強力驅動下正破浪前行，但水下潛藏的暗礁，已悄然浮現。