朱由檢提出設立軍機處，這原本是對內閣制度的一大挑戰，不想卻被東林黨人痛快地接受了，其他閣臣自然更不會反對。69ʂɧųҳ.ƈơɱ這其中的玄機在於，東林黨人認為他們目前最大的政敵是溫體仁和周延儒，而他們這一派是不懂軍事的。皇帝既然已經聲明，只有知兵者才能進軍機處，那顯然溫、周及其黨羽都無法入選。
相反，東林黨人雖然懂軍事的也不多，但多少比溫周黨要強一些，最起碼兵部尚書王洽是鐵定要進軍機處的。如此一來，便可巧妙地排擠溫體仁和周延儒，讓他們逐漸邊緣化。
正因為抱著這種目的，所以東林黨人對朱由檢提出的軍機處的種種權力，基本上也沒有反對。這些權力主要包括：
一，建立值班制度，處理一切緊急軍情；
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二，下達軍事部署，皇帝批准後生效；
三，凡是涉及到軍事層面的事務，為皇帝和內閣提供參贊。
但是東林黨人也不是對皇帝一味妥協，錢龍錫等人提出，軍機處職責重大，其人選必須與閣臣一樣實行廷推，而且必須由閣臣領銜。他們的如意算盤是，只要舉行廷推，皇帝就不能任意提拔自己中意的官員，東林黨完全可以憑藉人數上的優勢，把軍機處牢牢控制在自己手中，並把溫周一黨以不知兵的理由排除在外。-漫~*'¨¯¨'*·舞~ ➅❾𝓢нᵘ᙭.𝓒𝐎𝓶 ~舞*'¨¯¨'*·~漫-
對此朱由檢欣然同意。溫體仁和周延儒一向善於揣摩聖意，過去朱由檢想進行某項改革時，也常提前給他們暗中吹點風。可是此次他們一點思想準備也沒有，也摸不清朱由檢葫蘆里賣的什麼藥。二人偷著對視一眼，又想著自己之所以能上位，全靠順著皇帝的心意議政。這個軍機處看起來對自己不利，但既是皇帝提出，必有深意，如果貿然反對，以後必將失寵。因此權衡之下，也只好表示同意。
見大局已定，朱由檢心滿意足地又打了個呵欠，眾臣便知趣地告退了。等眾人全退出養心殿，朱由檢的臉上才露出勝利的微笑，暗忖自己「溫水煮青蛙」的把戲再一次獲得成功。
其實這個軍機處，當然是效仿清朝的軍機處而來，朱由檢連名字也懶得換了。東林黨人也確實猜對了一部分，朱由檢確有用軍機處與內閣分權的想法。
因為現在的內閣權力實在太大，幾乎所有朝政，均需內閣做出票擬。雖然朱由檢費盡心機，在內閣中安插了溫體仁、周延儒等人，但東林黨還是占上風，內閣常常不能做出符合自己心意的票擬。🌷♡ ➅❾Şђย𝕏.匚ｏ𝓂 🍔👌雖然最終的批紅權在皇帝手上，朱由檢也不可能每個票擬都打回去讓內閣重寫。
而且內閣中鬥爭激烈，即使東林黨內部，也常因意見不一而發生爭吵，辦事效率可想而知。其他事務猶可，涉及軍事可是半點也耽誤不得的，因此朱由檢過去經常不得不繞過內閣，直接下達特旨。這樣做表面上看起來效率是高了，但官員集團對此意見非常大，牴觸情緒也非常嚴重。幸虧幾次軍事行動都成功了，一旦有一次不成功，恐怕他們就要藉機群起而攻之，朱由檢的權威就會發生動搖。
現在朱由檢設立軍機處，把軍事問題單從內閣里拿出來，尤其是規定軍機處有權下達軍事部署，這就等於是票擬了，無疑是減少了內閣和官員集團對自己的阻力。
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但是朱由檢的軍機處與清朝的軍機處還是有重大區別的。清朝的軍機處其實就是讓皇帝大權獨攬的一個工具，軍機處大臣看似位高權重，實則只是承旨下達。後來也不光是處置軍情了，幾乎所有朝政軍機處都要管，等於是把內閣給架空了。
而且經軍機處下達的旨意，和經內閣下達的「廷寄」還有一個顯著的區別，那就是廷寄是曉諭天下的，而軍機處的旨意叫「上諭」，只發給領旨的人，其他人無從知曉。這固然讓皇帝的權力達到了無以復加的地步，但這種秘密政治實則對國家非常有害。因為整個社會都變得沒有規則、沒有法律可循，什麼事都是皇帝一個人說了算，每個人都是奉旨辦事；而皇帝的精力是有限的，不可能面面俱到，長此以往，國家必然陷入僵化和腐朽。
所以朱由檢並不想架空內閣，只想把軍權從內閣中分離出來。他真正想效仿的是現代的「中央軍委」，或是「參謀長聯席會議」，即只有軍事指揮權，而不干涉其他事務。甚至像徵兵、編制、裝備、訓練、軍事科研、軍人薪資待遇等「普通」軍事事務，也仍歸兵部管。說白了一句話，軍機處只管打仗。
至於軍機處的人選問題，東林黨有東林黨的打算，朱由檢也有朱由檢的高招，否則他也不會輕易提出這個構想，反被東林黨利用。明朝的規矩是以文制武，這一點朱由檢並不反對。但具體的軍事作戰，必須由武將去完成。明朝在這方面做得太過，連領兵打仗也必須由文官擔任統帥，而文官又不知兵，必然導致軍事失敗，遼東如今的局面便是文官統帥造成的惡果。
現在朱由檢雖然掌握了一部分軍權，但還是不能完全放開手腳，任用有才能的武將。比如從遼東撤兵至山海關，名義上算是孫承宗指揮的，孫承宗為此還背了黑鍋；平定西南叛亂，名義上算是成基命指揮；京師保衛戰，名義上是內閣指揮，實際上是朱由檢直接指揮，廷臣對此意見很大；此次平叛之戰，則是盧象升和孫傳庭兩名文官指揮，幸好這兩人軍事才能都還不錯。
接下來還要有戶部尚書畢自嚴和工部尚書徐光啟。戶部自不必說，兵馬未動糧草先行，沒有戶部配合，任何軍事行動都無法開展；工部也是一樣，朱由檢新設立的工廠，大部分歸到工部，也基本都是軍事用途。而且這兩人都是中間派，也不會讓軍機處成了東林黨的天下。
但是還有一個人，東林黨絕不會想到，那就是盧象升。朱由檢打算在廷推之時，讓溫體仁和周延儒力推盧象升。盧象升現在是直接掌兵的，只要他能入軍機處，那就開了軍事直接指揮者進入最高權力機構的先河，為下一步真正的武將進入軍機處做了鋪墊。
不過盧象升現在肩負馳援南京的重任，暫時還無法回京師。朱由檢的思緒不禁飄到了千里之外的長江北岸，在那裡，他的將士們能不能粉碎叛軍的計劃，將流賊一舉殲滅呢？