——幾年前——
在某個地區的叢林裡科學家們反覆研究著某個寶可夢。
站在那裡的是被稱為富士博士的一位科學家。他對寶可夢的遺傳基因進行了研究，據說這裡擁有所有寶可夢的DNA，是非常罕見的寶可夢。
那個寶可夢世界上只有一隻，在人前出現的情況也非常稀少，連知道它存在的人都很少，是稀有的寶可夢。
富士博士成功地和那個寶可夢 交換了友誼。那個寶可夢意外地友好，出現的事至少對研究足夠了。
有一天，那個寶可夢生了孩子。找遍世界也沒有輪到的那個寶可夢為什麼能生孩子不明，不過，只是那個寶可夢的孩子對他來說是個好消息。
作為孩子出生的寶可夢是非常有趣的寶可夢。據調查，繼承父母遺傳基因的潛在能力非常高。單論戰鬥能力，連父母都超過了。
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但是在那個研究的過程中，知道了他的研究成果的某個組織企圖利用他和那個寶可夢們。那個組織交涉要把他拉進自己的組織。
雖然組織很可疑，但在研究人員富士博士看來，擁有高技術的他們的申請很有魅力。因此，藤博士無法拒絕他們的邀請。
富士博士接受了他們的建議，決定為他們進行研究。但當時的他無法想像，這個決定日後會釀成無數悲劇。
最初的悲劇是與正在研究的寶可夢分別。和富士博士加深了交流的那個寶可夢，對輸給欲望的他絕望了，從他的面前消失了身姿。藤博士當時並沒有在意，但總有一天會對這次離別感到深深的後悔。
雖然父母都不在了，但作為研究對象的孩子依然存在。他決定把那個寶可夢帶到組織那裡繼續研究。
富士博士和組織一起繼續那個寶可夢的研究。那個寶可夢的研究也因為組織的科學力極高的事順利地進行著。他埋頭於那個寶可夢的研究，終於突破了作為瘋狂科學家的道路。
結果，富士博士在那個寶可夢身上加入了某種手腳。這是連上帝都不允許的行為，沒錯，就是改造基因。富士博士自己改造了那個寶可夢的特殊遺傳因子，引出了寶可夢的潛在能力，並且想要給予超越顯界的強度。
那個實驗成功了。寶可夢的力量得到了遠遠超越普通寶可夢的力量。讓那個寶可夢裝備特殊的護甲，組織也成功地控制了那個寶可夢。
然後那個寶可夢的研究經過了約7個月的時候，新的悲劇向他襲來。
從出生開始就作為研究對象活著的那個寶可夢，有一天感到了疑問。自己為什麼會出生?自己是誰?自己是為了什麼而存在的?但是，沒有人能回答這個問題。
聽了研究內容，自然就能傳達給自己，作為知識積累起來。然後那個寶可夢自己成長變聰明了。
有一天，富士博士遭遇了第二次悲劇。組織到現在為止控制著那個寶可夢。但是那個寶可夢因為太強的力量終於暴走了，自己的意思從研究所溜出來了。
那個寶可夢的力量太過強大，甚至遠遠超出了富士博士和組織的想像。富士博士目睹了那隻寶可夢的力量，對自己至今為止的行動感到非常後悔。如果他在外面的世界胡作非為的話，可能會破壞一切。
為什麼自己會協助組織?為什麼自己犯了這樣不可挽回的錯誤?為什麼自己背叛了關係很好的寶可夢?
但是，即使後悔過去的行為，時間也不會倒退。他一生都要背負自己所犯的錯誤。
幸運的是，富士博士並沒有聽到那個寶可夢發狂的新聞。這是不幸中的萬幸，他為此放下心來，決定離開組織。為了不再被他們盯上，我躲在他們看不到的地方。
但是從那以後那個寶可夢到底去了哪裡，沒有人知道那個。
…
···
···
坎特聯賽已經結束了好幾天。真治和利利度過了平穩的時光，康太和幸美以更高的目標各自重複著特訓。
這時，利利埃對研究所里的書籍表現出了興趣。那本書並不厚，內容也很少。對於喜歡讀書的理惠來說，這是很少見的。
看到利利埃沉迷於這本書的樣子，真治很在意，決定跟她打招呼。
「莉莉葉，你在看什麼?」
「啊，真治哥，我有一本很感興趣的書……」
說著，理惠把那本書遞給真治。那本書應該說是日記比較好吧。好像是關於某個寶可夢的觀察日記。
「觀察日記?是奧基德博士寫的嗎?」
「作者好像不清楚。內容也有些模糊，所以只能讀到一部分記錄……。」
我確認了一下裡面的內容，內容確實有些模糊不清，根本稱不上是日記。
「我讀一下。」
理惠說著把日記的內容讀給真治聽。
「7月5日。這裡是南美洲的蓋亞那。在叢林深處發現了新品種的寶可夢。」
新品種的寶可夢。光是這樣，對健身教練來說就非常有魅力。但是只有日期，沒有標註年份，所以不清楚是什麼時候寫的。
利葉接著念日記的內容。
「7月10日。我把新發現的寶可夢命名為目幽。」
日記中記載的是一隻名為目幽的寶可夢。但是真治聽了那個名字卻對那個寶可夢沒有印象。雖然不知道是什麼時候寫的，但這或許可以稱為世紀大發現。
但是對於下面寫的內容，2人感到有疑問的事。
「2月6日，目幽要生孩子了。」
上面寫著的是一個從未聽說過的名叫繆圖的寶可夢。目幽加上目幽 ，2人聽了那個寶可夢的名字抱有興趣。
但還有一點更讓人在意。那是日記上記載的日期。因為有很多部分掠過無法讀懂，所以從7月飛到了2月。到底是什麼原因飛到這裡的呢?
在最後的內容中，記載了簡短而令人震驚的內容。
「9月1日。寶可夢目幽太強了。不行…我無法控制!」
不知道是誰寫的這本日記，也不知道寫完最後的內容後本人的情況如何。肯定不是大木多寫的。
那麼到底是誰寫的呢?這時，從日記的最後一頁掉下了一張照片。